PDB-2j4q: Crystal structure of a E138A Escherichia coli dCTP deaminase muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j4q

タイトル

Crystal structure of a E138A Escherichia coli dCTP deaminase mutant enzyme in complex with dTTP

要素

DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

キーワード

HYDROLASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / TRIMER / DCTP DEAMINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dCTP deaminase / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / dTTP biosynthetic process / protein homotrimerization / response to radiation / nucleotide binding / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Johansson, E. / Thymark, M. / Bynck, J.H. / Fanoe, M. / Larsen, S. / Willemoes, M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2007
タイトル: Regulation of Dctp Deaminase from Escherichia Coli by Nonallosteric Dttp Binding to an Inactive Form of the Enzyme
著者: Johansson, E. / Thymark, M. / Bynck, J.H. / Fanoe, M. / Larsen, S. / Willemoes, M.

履歴

登録	2006年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j4q.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j4q.ent.gz	61.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j4q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j4q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2j4q_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	2j4q_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j4hC 1xs1S 1xs4 1xs6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xs1-2 2j4h-1 1xs4-1 2j4h-2 1xs4-2 1xs1-1 1xs6-1 2qlp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.594, 61.594, 344.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2002- HOH
2	1	B-2003- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 5	1 - 5
2	1	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 5	1 - 5
1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	7 - 8	7 - 8
2	2	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	7 - 8	7 - 8
1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	10 - 13	10 - 13
2	3	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	10 - 13	10 - 13
1	4	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	15 - 19	15 - 19
2	4	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	15 - 19	15 - 19
1	5	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	21 - 35	21 - 35
2	5	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	21 - 35	21 - 35
1	6	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	37 - 39	37 - 39
2	6	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	37 - 39	37 - 39
1	7	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	41 - 53	41 - 53
2	7	PHE	PHE	ASP	ASP	B	B	41 - 53	41 - 53
1	8	ARG	ARG	ASP	ASP	A	A	67 - 76	67 - 76
2	8	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	67 - 76	67 - 76
1	9	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	78 - 105	78 - 105
2	9	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	78 - 105	78 - 105
1	10	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	107 - 120	107 - 120
2	10	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	107 - 120	107 - 120
1	11	ARG	ARG	TYR	TYR	A	A	126 - 171	126 - 171
2	11	ARG	ARG	TYR	TYR	B	B	126 - 171	126 - 171

#1: タンパク質	DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE / DCTP DEAMINASE 分子量: 21218.221 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28248, dCTP deaminase
#2: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 138 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 138 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.34 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: VAPOUR DIFFUSION, 34% PEG400, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH6.8, 5MM DCTP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.046
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.046 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12085 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0001	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XS1

1xs1

解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 12.067 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.388 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.302	582	4.8 %	RANDOM
R_work	0.247	-	-	-
obs	0.25	11438	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	1.13 Å²	0 Å²
2-	-	2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2641	0	55	5	2701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.991	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.027	3	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.543	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.017	22.018	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.017	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.781	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.242	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.209	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.082	1.5	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.22	2	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.666	3	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.524	4.5	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2193 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.04	0.05
tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.32	27
R_work	0.301	591

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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