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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j4e | ||||||
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タイトル | THE ITP COMPLEX OF HUMAN INOSINE TRIPHOSPHATASE | ||||||
![]() | INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / ITP / IMP / DISEASE MUTATION / INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE / INOSINE TRIPHOSPHATASE DEFICIENCY | ||||||
機能・相同性 | ![]() ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME / Purine catabolism ...ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME / Purine catabolism / chromosome organization / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmbergschiavone, L. / Hogbom, M. / Kotenyova, T. / Landry, R. / Loppnau, P. / Magnusdottir, A. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Thorsell, A.G. / Schuler, H. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Nordlund, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Inosine Triphosphatase: Substrate Binding and Implication of the Inosine Triphosphatase Deficiency Mutation P32T. 著者: Stenmark, P. / Kursula, P. / Flodin, S. / Graslund, S. / Landry, R. / Nordlund, P. / Schuler, H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 21612.756 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BY32, nucleoside-triphosphate diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 184分子 ![](data/chem/img/ITT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ITT / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-POP / | #5: 化合物 | ChemComp-IMP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 % |
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結晶化 | 詳細: 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 31 % (W/V) PEG 3350, AND THE PROTEIN WAS ADDED FROM A 50 MG/ML STOCK SOLUTION CONTAINING 10MM ITP AND 20 MM HEPES PH 7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9781 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 45773 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CAR 解像度: 2.8→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 30.579 / SU ML: 0.306 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.81 Å
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拘束条件 |
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