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- PDB-2j4e: THE ITP COMPLEX OF HUMAN INOSINE TRIPHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4e
タイトルTHE ITP COMPLEX OF HUMAN INOSINE TRIPHOSPHATASE
要素INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / ITP / IMP / DISEASE MUTATION / INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE / INOSINE TRIPHOSPHATASE DEFICIENCY
機能・相同性
機能・相同性情報


ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME / Purine catabolism ...ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME / Purine catabolism / chromosome organization / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inosine triphosphate pyrophosphatase / Ham1-like protein / Ham1 family / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / INOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Inosine triphosphate pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmbergschiavone, L. / Hogbom, M. / Kotenyova, T. / Landry, R. / Loppnau, P. / Magnusdottir, A. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Thorsell, A.G. / Schuler, H. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Inosine Triphosphatase: Substrate Binding and Implication of the Inosine Triphosphatase Deficiency Mutation P32T.
著者: Stenmark, P. / Kursula, P. / Flodin, S. / Graslund, S. / Landry, R. / Nordlund, P. / Schuler, H.
履歴
登録2006年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
B: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
C: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
D: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
E: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
F: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
G: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
H: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,17825
ポリマ-172,9028
非ポリマー4,27617
3,009167
1
A: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
B: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2906
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0654
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PQS
2
F: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
G: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2906
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0654
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-24.5 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PQS
3
C: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子

H: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2906
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0654
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
手法PQS
4
H: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子

C: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2906
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0654
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
手法PQS
5
D: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子

E: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3067
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0815
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
手法PQS
6
E: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子

D: INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3067
ポリマ-43,2262
非ポリマー1,0815
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.998, 75.292, 110.793
Angle α, β, γ (deg.)85.12, 77.72, 69.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE / INOSINE TRIPHOSPHATASE / ITPASE / ONCOGENE PROTEIN HLC14-06-P


分子量: 21612.756 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BY32, nucleoside-triphosphate diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 184分子

#2: 化合物
ChemComp-ITT / INOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / INOSINE TRIPHOSPHATE / ITP


分子量: 508.166 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N4O14P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H13N4O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化詳細: 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 31 % (W/V) PEG 3350, AND THE PROTEIN WAS ADDED FROM A 50 MG/ML STOCK SOLUTION CONTAINING 10MM ITP AND 20 MM HEPES PH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9781
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 45773 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CAR
解像度: 2.8→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 30.579 / SU ML: 0.306 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2461 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 45773 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.04 Å20.03 Å2
2---0.04 Å20.01 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11872 0 257 167 12296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02212410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1842.00816841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8243.00120817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2751510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.96824.589547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.042152074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6351564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.28512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.25821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.26563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.40329838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.514312140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.75145759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.19154701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 189 -
Rwork0.336 3295 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55920.2962-0.09561.802-1.83256.662-0.34450.8544-0.1061-0.45750.2563-0.11850.5195-0.67550.08830.4296-0.18860.08580.6172-0.12180.304739.68916.917-40.242
21.88271.50610.51833.16531.23514.2827-0.2050.283-0.0407-0.28130.00320.13680.3671-0.37760.20190.2112-0.08630.09240.2065-0.04170.105747.23119.989-27.475
32.84284.47120.012614.07063.74753.8721-0.12320.4905-0.2836-0.25080.3288-0.34720.0825-0.0693-0.20560.313-0.05880.11580.3435-0.01770.133652.85922.858-33.596
40.9613-0.4953-2.82555.06281.1088.3295-0.04780.510.2226-0.17050.19290.3902-0.484-0.3176-0.14510.2493-0.08310.07630.2711-0.04020.088753.78332.29-36.593
54.08072.14156.471313.6781.117110.8008-0.52661.0323-0.628-0.53940.3879-0.37791.26570.28710.13860.4209-0.16130.16440.432-0.1290.190750.91616.967-44.651
62.98570.69020.07162.5227-2.53162.7493-0.1087-0.1656-0.6493-0.0095-0.0482-0.2036-0.13570.27970.15690.23070.02050.06730.1283-0.09980.34137.5673.362-3.851
72.28961.3856-0.34273.5169-2.22971.57830.05640.1535-0.28560.1278-0.07520.32570.387-0.1980.01870.18590.01510.03010.0882-0.10540.136237.77810.154-11.693
84.44763.0379-1.81154.6739-0.9381.2535-0.14460.452-0.3259-0.00740.1635-0.41410.267-0.0471-0.0190.16130.0485-0.03030.0557-0.04780.009847.05518.448-9.955
92.51382.3722-0.43752.75310.40272.50970.1925-0.0912-0.2590.2506-0.23620.13240.39110.28140.04360.19120.0699-0.06180.11580.04310.117744.57316.464-2.44
107.61545.4064-0.65514.5266-0.64660.57890.0709-0.5284-0.10450.1235-0.14240.10850.0516-0.02970.07150.12550.0603-0.01930.12330.02380.159542.94614.995.265
114.0679-1.0104-0.09043.69611.6780.79760.0267-0.242-0.59520.0599-0.2883-0.50440.17560.40210.26150.10590.0609-0.10550.33510.1860.269556.27123.58429.279
126.18250.9940.45763.43941.46252.480.4312-0.26660.80230.382-0.6729-0.004-0.00050.36640.24160.10390.0537-0.03410.29980.06980.113745.28133.93336.486
136.11660.7952-0.99430.4831-0.88991.68530.1427-0.6085-0.26180.1847-0.2409-0.31170.2310.36240.09810.1330.0543-0.05070.21490.00260.126939.68323.48134.736
147.66762.3521-0.18012.8673-0.12530.90150.1178-0.42510.2470.1091-0.2073-0.166-0.12190.23350.08950.11460.0527-0.04540.0880.0264-0.077441.16429.42128.802
157.20613.484-1.9742.6831-0.48042.3042-0.21250.1976-0.2489-0.1436-0.0222-0.20040.1618-0.09550.23460.14150.0738-0.04420.02620.03230.131441.72519.55620.412
163.34810.2002-0.22971.54870.46471.6371-0.0094-0.1971-0.170.1147-0.01010.135-0.0349-0.04970.01960.01620.02-0.03630.03280.00510.113336.30150.78522.449
173.1693-0.0758-2.1591.00470.39253.09190.0513-0.1120.08410.02390.03270.0136-0.22690.1177-0.0839-0.02150.0087-0.0813-0.0671-0.0030.09348.31747.84613.807
183.77460.2261-3.01132.1081.357311.8973-0.2274-0.0123-0.19750.11040.07370.049-0.2574-0.07140.1536-0.1290.0605-0.05250.0182-0.040.204941.84744.07314.786
194.03152.47871.34531.52670.72624.2645-0.17060.5574-0.0105-0.20950.19460.02470.14590.2117-0.024-0.01080.0408-0.06750.05750.01470.052637.85841.92.11
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229.48955.30261.91232.96360.9988.38140.0778-0.21830.26310.1576-0.2281-0.3787-0.25090.51450.15040.14070.1522-0.09160.0882-0.06810.2543-8.26356.75323.516
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261.03410.2567-0.16933.5297-1.01043.0348-0.25680.14280.0063-0.55090.2377-0.02810.0347-0.20320.01910.12650.0045-0.05930.158-0.03550.167718.56328.018-12.475
271.77071.1113-1.81032.6205-1.62737.6282-0.03110.15220.0973-0.10880.00010.03220.0217-0.17790.031-0.00480.0026-0.0605-0.0126-0.02710.04914.54721.0594.965
282.56840.0302-0.96863.07840.52459.0675-0.36870.3891-0.1677-0.2432-0.15730.09570.50060.14380.5259-0.0778-0.0783-0.052-0.03840.01150.183421.83425.554-3.154
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3015.072606.18782.9235-5.112911.06760.0405-0.4362-0.692-0.4009-0.4234-0.5676-0.03570.88370.3830.30230.0731-0.04390.15730.02580.134932.530.889-9.555
315.8148-0.22860.02111.3939-0.31474.768-0.36690.4740.0816-0.8920.23310.14310.4888-0.34960.13370.3548-0.12-0.11670.1895-0.02370.1379-0.071-7.871-9.071
322.75971.7822-0.38317.88291.82643.1866-0.32720.54220.009-0.96120.2581-0.17660.1193-0.06140.0690.2319-0.0544-0.08820.25870.03770.18483.2250.248-10.776
333.40192.3631.46342.96151.55795.05590.13340.02-0.0299-0.02490.0091-0.10680.0220.1053-0.1426-0.01930.0467-0.0425-0.05450.04290.08525.0877.8457.333
344.15390.82481.92381.67161.85148.5938-0.22380.0890.24730.05130.10740.0929-0.1469-0.24030.1165-0.0574-0.0047-0.0607-0.12790.02510.1734-1.0570.1787.718
351.20841.52670.87462.1173-0.540715.0022-0.09320.5475-0.0213-0.34860.32080.4387-0.1552-0.2561-0.22760.0570.03-0.08160.0368-0.01610.1577-6.343-5.892.383
363.0122-1.2368-1.57042.57353.31454.94860.2926-0.67220.34650.402-0.0785-0.0941-0.34950.4317-0.21420.4329-0.1961-0.00420.5573-0.04330.212376.57838.875-50.431
377.92556.29873.015610.3277.04155.44830.4854-0.3010.3470.67930.1708-0.4187-0.2350.9791-0.65630.2785-0.1295-0.07960.5250.01190.073981.78334.117-54.919
383.42991.2095-0.18872.19411.00833.8755-0.0112-0.35520.2161-0.0001-0.22080.15950.1294-0.15390.2320.0542-0.0606-0.01050.17110.0345-0.000769.68125.094-64.392
398.90363.0785.154.1010.95265.70120.28520.0724-0.41940.5242-0.089-0.06850.32210.0753-0.19610.22040.01660.11180.3764-0.022-0.075968.18228.204-55.709
404.58451.15140.79112.92750.99016.02930.2075-0.55810.21650.3718-0.15350.10810.0717-0.0105-0.0540.2535-0.09480.1030.2706-0.03610.092963.15429.623-49.987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3A128 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4A148 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5A175 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 51
7X-RAY DIFFRACTION7B52 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8B84 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9B127 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10B152 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11C0 - 45
12X-RAY DIFFRACTION12C46 - 59
13X-RAY DIFFRACTION13C60 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14C102 - 132
15X-RAY DIFFRACTION15C133 - 193
16X-RAY DIFFRACTION16D0 - 55
17X-RAY DIFFRACTION17D56 - 122
18X-RAY DIFFRACTION18D123 - 149
19X-RAY DIFFRACTION19D150 - 174
20X-RAY DIFFRACTION20D175 - 194
21X-RAY DIFFRACTION21E0 - 39
22X-RAY DIFFRACTION22E40 - 53
23X-RAY DIFFRACTION23E54 - 132
24X-RAY DIFFRACTION24E133 - 160
25X-RAY DIFFRACTION25E161 - 189
26X-RAY DIFFRACTION26F0 - 63
27X-RAY DIFFRACTION27F64 - 117
28X-RAY DIFFRACTION28F118 - 148
29X-RAY DIFFRACTION29F149 - 179
30X-RAY DIFFRACTION30F180 - 193
31X-RAY DIFFRACTION31G0 - 25
32X-RAY DIFFRACTION32G26 - 66
33X-RAY DIFFRACTION33G67 - 118
34X-RAY DIFFRACTION34G119 - 164
35X-RAY DIFFRACTION35G165 - 190
36X-RAY DIFFRACTION36H3 - 52
37X-RAY DIFFRACTION37H53 - 78
38X-RAY DIFFRACTION38H79 - 122
39X-RAY DIFFRACTION39H127 - 151
40X-RAY DIFFRACTION40H152 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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