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- PDB-2j3k: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Double Bond Reductase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j3k
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana Double Bond Reductase (AT5G16970)-Ternary Complex II
要素NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ARABIDOPSIS THALIANA / 4-HYDROXY-2- NONENAL / NADP / TERNARY COMPLEX II / DOUBLE BOND REDUCTASE (AT5G16970)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / plastid / response to oxidative stress / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E,4R)-4-HYDROXYNON-2-ENAL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Youn, B. / Kim, S.J. / Moinuddin, S.G. / Lee, C. / Bedgar, D.L. / Harper, A.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G. / Kang, C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: Mechanistic and structural studies of apoform, binary, and ternary complexes of the Arabidopsis alkenal double bond reductase At5g16970.
著者: Youn, B. / Kim, S.J. / Moinuddin, S.G. / Lee, C. / Bedgar, D.L. / Harper, A.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G. / Kang, C.
履歴
登録2006年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_entity_src_syn
改定 1.52020年7月29日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.src_method
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase
B: NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1506
ポリマ－76,3512
非ポリマー1,7994
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.080, 122.450, 147.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NADPH-dependent oxidoreductase 2-alkenal reductase / AtAER / NADP-dependent alkenal double bond reductase P1 / DBR1 / NADPH-azodicarbonyl/quinone ...AtAER / NADP-dependent alkenal double bond reductase P1 / DBR1 / NADPH-azodicarbonyl/quinone reductase / NADPH:2-alkenal/one alpha / beta-hydrogenase / ALH / P1-zeta-crystallin protein / P1-ZCr


分子量: 38175.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10
参照: UniProt: Q39172, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる, 2-alkenal reductase [NAD(P)+]
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-HNE / (2E,4R)-4-HYDROXYNON-2-ENAL / 4(R)-ヒドロキシ-2(E)-ノネナ-ル


分子量: 156.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir solution containing 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M potassium chloride
Temp details: 277 and 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.07812
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23815 / % possible obs: 82.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.38 % / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.199 --
obs0.199 20187 82.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 118 134 5556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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