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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j23 | ||||||
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タイトル | Cross-reactivity and crystal structure of Malassezia sympodialis Thioredoxin (Mala s 13), a member of a new pan-allergen family | ||||||
![]() | THIOREDOXIN | ||||||
![]() | IMMUNE PROTEIN / MALASSEZIA SYMPODIALIS / AUTOREACTIVITY / CROSS-REACTIVITY / IGE / FUNGI / EPITOPE / ALLERGEN / THIOREDOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycerol ether metabolic process / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Limacher, A. / Glaser, A.G. / Meier, C. / Scapozza, L. / Crameri, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cross-reactivity and 1.4-A crystal structure of Malassezia sympodialis thioredoxin (Mala s 13), a member of a new pan-allergen family. 著者: Limacher, A. / Glaser, A.G. / Meier, C. / Schmid-Grendelmeier, P. / Zeller, S. / Scapozza, L. / Crameri, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ep7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99944, 0.03235, 0.00827), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13339.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.7 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 3% PEG400, 0.1 M IMIDAZOLE PH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00802 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→37 Å / Num. obs: 38712 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 93.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EP7 解像度: 1.41→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.867 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→37 Å
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拘束条件 |
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