PDB-2j1p: Geranylgeranyl diphosphate synthase from Sinapis alba in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j1p

タイトル

Geranylgeranyl diphosphate synthase from Sinapis alba in complex with GGPP

要素

GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

キーワード

TRANSFERASE / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / CAROTENOID BIOSYNTHESIS / ISOPRENYL TRANSTRANSFERASE / ISOPRENOID DIPHOSPHATE SYNTHASE / TRANSIT PEPTIDE / CHLOROPLAST / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

chromoplast / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SINAPIS ALBA (シロガラシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kloer, D.P. / Welsch, R. / Beyer, P. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure and Reaction Geometry of Geranylgeranyl Diphosphate Synthase from Sinapis Alba.
著者: Kloer, D.P. / Welsch, R. / Beyer, P. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2006年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j1p.cif.gz	116.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j1p.ent.gz	97.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j1p_validation.pdf.gz	661.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j1p_full_validation.pdf.gz	671.3 KB	表示
XML形式データ	2j1p_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	2j1p_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/2j1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/2j1p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j1oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e8l-d 3pde-2 3ts7-d 3p8r-1 6co1-2 5gre-d 3wll-d 3fhx-d 2j1o-1 3nub-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

B: GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.803, 91.551, 56.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.87173, -0.20486, -0.44511), (-0.28982, -0.5169, 0.80549), (-0.39509, 0.83117, 0.39122)
ベクター: 31.94896, 16.13944, 0.35993)

#1: タンパク質	GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE / GGPP SYNTHETASE / GGPS / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE SYNTHASE 分子量: 32134.703 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 74-301,316-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SINAPIS ALBA (シロガラシ) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q43133
#2: 化合物	ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸分子量: 450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₆O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97967
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34 Å / Num. obs: 94523 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.775 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	2458	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	46010	96.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4173	0	47	190	4410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	2	5758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.064	3	7111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.297	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.66	24.235	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.485	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.436	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.29	1.5	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.462	2	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.798	3	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.884	4.5	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3	184
R_work	0.243	3321

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.6602	-2.7994	1.404	13.3484	-8.9181	17.4281	0.2748	1.0939	0.7002	-1.605	0.8279	0.6819	0.7178	-2.7917	-1.1026	0.4157	-0.0893	-0.2131	0.393	0.2404	0.3433	2.528	43.0629	3.1478
2	2.5325	-1.3156	0.1727	2.0513	0.0085	0.5871	-0.0139	0.174	0.4532	-0.2289	-0.0881	-0.2602	-0.2156	0.1033	0.102	0.1471	0.0056	0.0275	0.0766	0.0385	0.136	12.7051	29.532	8.6073
3	9.1204	0.2796	0.5296	3.2859	-0.5268	5.5121	0.2411	1.1191	0.3233	-0.5253	-0.1771	0.0314	-0.3094	-0.1822	-0.064	0.1754	0.1496	0.095	0.2279	0.0148	-0.0552	15.8678	17.8061	-4.2926
4	1.245	-0.4037	0.0629	1.5708	0.5669	1.9268	-0.0512	-0.0345	0.1312	-0.0529	0.0168	0.0533	-0.1169	-0.0582	0.0345	0.1517	0.0615	-0.0176	0.0842	-0.008	0.126	8.0164	21.7352	16.7809
5	1.89	0.6211	1.4213	2.9044	1.1912	3.4694	-0.0201	0.0297	-0.0982	-0.1577	0.1841	0.1024	0.2016	-0.1377	-0.1641	0.1784	0.0179	-0.0189	0.0873	0.0254	0.1563	-6.3678	20.9525	8.6313
6	2.8012	-0.1044	1.6212	3.551	3.4759	9.2862	-0.0407	0.2695	0.0574	-0.2546	0.1309	0.1045	0.0753	-0.1573	-0.0902	0.1116	-0.0082	-0.0401	0.0794	0.0439	0.1134	-11.6519	26.3468	-2.7317
7	3.7912	-0.4784	1.4194	2.7543	4.2909	18.5635	-0.4295	-0.1757	0.5319	-0.8209	0.0154	-0.1144	-2.1026	0.6013	0.4141	0.3009	0.0356	0.0146	-0.0817	0.066	0.1636	-7.9621	38.6235	6.0412
8	4.562	-0.6043	3.7034	2.2378	-1.0973	8.0647	0.1302	-0.3006	-0.4283	0.0785	0.0428	0.0351	0.4614	-0.2719	-0.1729	0.115	-0.0045	0.0416	0.0552	0.0198	0.227	7.8694	0.1214	25.1468
9	1.1498	-0.0873	0.8515	1.1749	0.573	3.3032	0.0282	-0.1156	-0.1967	0.0193	-0.0042	0.0251	0.163	0.0496	-0.0239	0.0888	0.0386	0.0232	0.0868	-0.0135	0.166	15.4152	5.4373	23.4513
10	7.2435	-2.4325	-0.7269	10.1388	0.7811	3.2411	-0.0045	0.162	-0.5121	-0.1398	0.049	-0.1571	0.545	0.3064	-0.0445	0.1544	0.071	0.0021	0.0182	-0.121	0.1116	14.4624	-1.2455	7.7743
11	1.5201	-0.5825	0.0487	1.5269	0.2423	1.926	-0.1097	-0.1121	-0.0073	0.0813	0.0281	-0.0021	-0.0975	-0.0185	0.0816	0.1216	0.0483	0.0015	0.1093	-0.0172	0.1153	13.9592	16.5011	22.609
12	2.6632	-0.5527	-1.3239	1.1524	0.2214	1.7434	-0.0693	0.0816	-0.0015	-0.0576	-0.1252	-0.1685	-0.2225	0.0886	0.1945	0.0941	-0.0007	-0.0183	0.1401	0.0398	0.1424	29.2645	14.5319	22.9138
13	4.274	-2.2446	-1.9898	3.1069	1.5729	5.1973	-0.1026	-0.0561	-0.2015	-0.0581	-0.0243	-0.0733	0.2139	0.2477	0.1269	0.0147	0.0128	0.0013	0.1243	0.0618	0.1339	38.5102	3.0332	24.6573
14	5.1285	3.383	3.8287	6.4411	-0.9904	5.7949	0.3386	-0.4367	-0.354	-0.2715	-0.0539	-0.0392	0.7053	0.5294	-0.2846	0.1762	0.0913	-0.1037	0.1042	0.0304	0.1269	26.8686	5.5923	39.7263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	169 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	220 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	283 - 307
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	12 - 44
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	45 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	100 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	121 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	170 - 219
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	220 - 280
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	281 - 302

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