PDB-2j0p: Structure of the haem-chaperone Proteobacteria-protein HemS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j0p

タイトル

Structure of the haem-chaperone Proteobacteria-protein HemS

要素

HEMIN TRANSPORT PROTEIN HEMS

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CONFORMATIONAL CHANGES / HAEM / IRON / TRANSPORT / ION TRANSPORT / PROTEOBACTERIA / IRON TRANSPORT / HAEM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schneider, S. / Sharp, K.H. / Barker, P.D. / Paoli, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: An Induced Fit Conformational Change Underlies the Binding Mechanism of the Heme Transport Proteobacteria-Protein Hems.
著者: Schneider, S. / Sharp, K.H. / Barker, P.D. / Paoli, M.

履歴

登録	2006年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j0p.cif.gz	90.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j0p.ent.gz	66.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0rC 1u9tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cdp-d 3pxv-2 1u9t-d 1szm-2 4ae9-2 5wb4-1 3pxv-1 5uwl-d 4mf9-2 6tyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEMIN TRANSPORT PROTEIN HEMS

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.941, 77.593, 114.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	HEMIN TRANSPORT PROTEIN HEMS / HEMS 分子量: 39245.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア) 株: WA-C / プラスミド: PGAT2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31517

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	ASN 162 IS ILE IN THE SEQUENCE FILE P31517. COMPARISON OF MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS OF HEMS ...ASN 162 IS ILE IN THE SEQUENCE FILE P31517. COMPARISON OF MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS OF HEMS HOMOLOGUES AND HEMS FROM Y.ENTEROCOLITICA STRAIN 8081 SEQUENCED AT THE SANGER INSTITUTE, SHOW ASN AT THIS POSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	詳細: 50MM TRIS-HCL PH8.5, 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.984
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 36050 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U9T

1u9t

解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 5.291 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-3, 170-179 AND 342-345 ARE DISORDERED. NE2 OF HIS196 IS COORDINATING THE HAEM-IRON.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	1807	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	34237	97.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2643	0	78	169	2890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.983	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.731	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.799	24.366	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.376	15	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.353	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.193	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.28	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.253	1.5	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.47	2	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.671	3	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.016	4.5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.289	130
R_work	0.25	2448

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7907	0.129	-2.6699	6.4319	-1.6556	10.9365	-0.0553	-0.4611	-0.1447	0.3929	0.2602	-0.2159	0.4075	0.7105	-0.2049	-0.0087	0.0643	-0.0671	-0.0401	-0.013	0.0764	27.0926	5.0559	14.2701
2	3.7375	-0.9067	0.5398	2.9209	1.1054	2.3167	0.108	-0.0805	-0.4197	0.0873	0.0628	0.0246	0.2452	-0.0214	-0.1708	0.0638	-0.0238	0.023	-0.0223	0.0623	0.0949	16.7958	9.3363	11.5723
3	0.9604	-0.2274	-0.54	0.7147	-0.1503	0.8133	0.0068	0.0294	-0.0381	-0.0233	0.0061	0.099	-0.0109	-0.0673	-0.0128	0.0346	-0.0053	-0.0053	0.016	0.0029	0.0473	13.877	25.0072	0.8155
4	19.2368	-3.9686	-0.3598	11.2623	0.4612	0.0211	-0.1999	-0.0788	-0.3739	-0.2002	0.1453	-0.4097	0.2694	0.3346	0.0546	0.0331	0.0119	0.009	0.2087	0.0258	0.0187	28.5157	19.1351	15.8747
5	2.0991	0.3008	-0.3191	3.2808	0.214	1.0369	0.0109	-0.2761	-0.1145	0.1478	-0.0105	0.1267	-0.0275	-0.0608	-0.0003	0.059	-0.0017	0.0035	0.0635	0.0323	0.052	13.644	21.0172	11.3915
6	0.1823	0.1775	-0.9144	0.8936	-1.8201	5.7855	0.0309	0.1679	-0.2899	-0.1296	-0.0175	0.1898	0.328	-0.3527	-0.0134	0.0175	0.0154	-0.0651	0.2258	-0.0616	0.0201	9.0525	15.638	-20.1541
7	3.6432	-0.365	1.4729	2.1596	0.8845	3.8918	0.2269	0.0917	-0.4097	-0.2023	-0.201	0.0693	0.218	-0.4104	-0.0259	0.0466	0.0038	-0.0003	0.0975	-0.04	-0.0579	19.8	13.0921	-24.0244
8	1.954	-0.5813	-0.5105	1.468	0.2995	1.4292	0.0656	0.0457	0.1479	-0.0777	0.0313	-0.2759	-0.0331	0.22	-0.0969	0.0269	-0.012	0.0222	0.0336	-0.0097	0.0638	29.9642	25.142	-9.6798
9	1.3164	-0.2866	-0.6743	1.4296	0.674	1.8967	0.0579	0.1798	-0.0029	-0.1214	-0.0279	-0.0128	-0.0208	-0.0555	-0.0299	0.0552	0.0034	0.0156	0.063	-0.0009	0.0407	24.0257	20.2061	-15.125
10	6.1788	-3.36	-1.1295	5.6268	2.4018	3.5793	0.2393	0.2434	0.291	-0.5526	-0.1773	-0.2374	-0.4139	0.0067	-0.062	0.1191	0.0103	0.0927	0.0161	0.0579	-0.0346	25.7452	30.019	-23.1752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	124 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	165 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	204 - 228
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	229 - 273
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	274 - 319
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	320 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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