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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j0p | ||||||
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タイトル | Structure of the haem-chaperone Proteobacteria-protein HemS | ||||||
![]() | HEMIN TRANSPORT PROTEIN HEMS | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / CONFORMATIONAL CHANGES / HAEM / IRON / TRANSPORT / ION TRANSPORT / PROTEOBACTERIA / IRON TRANSPORT / HAEM-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneider, S. / Sharp, K.H. / Barker, P.D. / Paoli, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Induced Fit Conformational Change Underlies the Binding Mechanism of the Heme Transport Proteobacteria-Protein Hems. 著者: Schneider, S. / Sharp, K.H. / Barker, P.D. / Paoli, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect.F / 年: 2005 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Haem-Binding Protein Hems from Yersinia Enterocolitica. 著者: Schneider, S. / Paoli, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39245.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: WA-C / プラスミド: PGAT2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 173分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-12P / |
#4: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#5: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | ASN 162 IS ILE IN THE SEQUENCE FILE P31517. COMPARISON OF MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS OF HEMS ...ASN 162 IS ILE IN THE SEQUENCE FILE P31517. COMPARISON |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 詳細: 50MM TRIS-HCL PH8.5, 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 36050 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1U9T 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.291 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-3, 170-179 AND 342-345 ARE DISORDERED. NE2 OF HIS196 IS COORDINATING THE HAEM-IRON.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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