PDB-2j04: The tau60-tau91 subcomplex of yeast transcription factor IIIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j04

タイトル

The tau60-tau91 subcomplex of yeast transcription factor IIIC

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C
YDR362CP

キーワード

TRANSCRIPTION / BETA PROPELLER / TYPE 2 PROMOTERS / HYPOTHETICAL PROTEIN / PREINITIATION COMPLEX / YEAST RNA POLYMERASE III / TRANSCRIPTION FACTOR IIIC

機能・相同性

機能・相同性情報

5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Mylona, A. / Fernandez-Tornero, C. / Legrand, P. / Muller, C.W.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structure of the Tau60/Deltatau91 Subcomplex of Yeast Transcription Factor Iiic: Insights Into Preinitiation Complex Assembly
著者: Mylona, A. / Fernandez-Tornero, C. / Legrand, P. / Haupt, M. / Sentenac, A. / Acker, J. / Muller, C.W.

履歴

登録	2006年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j04.cif.gz	405.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j04.ent.gz	322.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mvy-d 4mw9-d 4mw0-d 6cml-d 4zt3-d 4mvw-d 4mwb-d 4mw5-d 6gvm-d 5tqu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C

B: YDR362CP

C: HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C

D: YDR362CP

253 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C

B: YDR362CP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
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2

C: HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C

D: YDR362CP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.420, 125.800, 210.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	C
1	4	B
2	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	2 - 399
2	1	1	1	C	2 - 399
1	1	2	6	A	400 - 408
2	1	2	6	C	400 - 408
1	1	3	1	A	409 - 486
2	1	3	1	C	409 - 486
1	2	3	5	A	487 - 504
2	2	3	5	C	487 - 504
1	3	3	1	A	505 - 535
2	3	3	1	C	505 - 535
1	4	3	1	A	543 - 567
2	4	3	1	C	543 - 567
1	5	3	2	A	568 - 587
2	5	3	2	C	568 - 587
1	1	4	1	B	1 - 999
2	1	4	1	D	1 - 999

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.41877, 0.8599, -0.29189), (0.83544, 0.23884, -0.49496), (-0.3559, -0.45114, -0.81842)	61.74368, 37.25398, 216.04717
2	given	(-0.4162, 0.85779, -0.30161), (0.85668, 0.25875, -0.44626), (-0.30476, -0.44412, -0.84255)	62.3139, 34.0905, 216.59775

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN YPL007C / TAU60 / YPL007P 分子量: 67755.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PVL1393 / 細胞株 (発現宿主): High Five 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q12308
#2: タンパク質	YDR362CP / TAU91 分子量: 58928.871 Da / 分子数: 2 / Fragment: PROPELLER DOMAIN, RESIDUES 159-672 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06339
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	N-TERMINAL CLONING ARTIFACT C-TERMINAL NON-CLEVABLE HIS- TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 49476 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→208.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 54.87 / SU ML: 0.409 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	2619	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	49476	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.24 Å²	0 Å²	-5 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→208.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16930	0	0	5	16935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	17323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.941	23510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.794	5	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.72	24.53	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.497	15	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.211	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.273	0.2	8682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.33	0.2	11753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.197	1.5	10760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.314	2	17171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.394	3	7464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.608	4.5	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3232	tight positional	0.05	0.05
3	A	1157	tight positional	0.08	0.05
4	B	3677	tight positional	0.04	0.05
3	A	152	medium positional	0.46	0.3
2	A	73	loose positional	0.52	1.2
3	A	74	loose positional	1.36	1.2
1	A	3232	tight thermal	0.01	0.15
3	A	1157	tight thermal	0.01	0.15
4	B	3677	tight thermal	0	0.15
3	A	152	medium thermal	0.11	0.5
2	A	73	loose thermal	0.99	2
3	A	74	loose thermal	0.93	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.34 Å / Total num. of bins used: 12 /

	R_factor	反射数
R_free	0.371	310
R_work	0.314	5905

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2288	0.7976	0.9978	3.3454	1.9504	5.403	-0.2235	-0.45	0.3529	0.0881	-0.0827	0.1354	-0.0676	-0.2668	0.3061	-0.5237	-0.0055	0.064	-0.0967	-0.0249	-0.2093	12.1397	17.4754	44.5235
2	5.8112	-1.7377	-2.5383	2.5237	0.7469	5.2933	0.0274	0.0223	0.0463	-0.1611	-0.0702	0.1882	-0.0068	-0.2612	0.0428	-0.4877	-0.058	-0.032	-0.7356	-0.0383	-0.3132	15.5134	12.1911	5.9418
3	1.5327	-0.4505	-0.0135	2.345	-0.416	7.4414	0.0429	0.6828	-0.1993	-0.1481	-0.1319	-0.0419	0.1816	0.4099	0.0889	-0.1113	-0.0844	-0.1216	-0.3039	-0.0837	-0.0815	58.756	29.6001	167.6044
4	3.0072	1.9244	0.5811	8.914	2.4278	2.6392	-0.008	-0.0375	0.1991	-0.51	-0.1342	0.7807	-0.0417	-0.3719	0.1421	-0.4415	-0.0235	0.0316	-0.5899	0.0768	-0.324	63.9494	50.1267	199.6204
5	1.6572	0.2829	1.5346	1.1793	-0.0451	6.5954	-0.1343	-0.1285	0.1478	0.2838	-0.0251	-0.099	0.3617	-0.239	0.1594	-0.2986	0.0007	0.078	-0.0135	-0.2226	-0.1645	29.2511	19.7406	82.8881
6	1.7419	0.192	2.1186	1.5498	0.7719	6.3031	0.105	0.2829	-0.0393	0.1379	-0.1881	-0.0366	0.2935	-0.1723	0.0831	-0.0752	-0.0603	0.039	-0.0323	-0.1632	-0.2065	41.994	27.016	129.0657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	403 - 588
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	403 - 588
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	165 - 675
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	167 - 675

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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