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- PDB-2izp: BipD - an invasion protein associated with the type-III secretion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izp
タイトルBipD - an invasion protein associated with the type-III secretion system of Burkholderia pseudomallei.
要素PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN
キーワードTOXIN / VIRULENCE FACTOR / INVASION PROTEIN / TYPE-III SECRETION SYSTEM
機能・相同性IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Translocator protein BipD
機能・相同性情報
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Knight, M.J. / Ruaux, A. / Mikolajek, H. / Wong-Fat-Sang, N. / Withers, J. / Gill, R. / Wood, S.P. / Wood, M. / Fox, G.C. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: High Resolution Structure of Bipd: An Invasion Protein Associated with the Type III Secretion System of Burkholderia Pseudomallei.
著者: Erskine, P.T. / Knight, M.J. / Ruaux, A. / Mikolajek, H. / Wong-Fat-Sang, N. / Withers, J. / Gill, R. / Wood, S.P. / Wood, M. / Fox, G.C. / Cooper, J.B.
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN
B: PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1742
ポリマ－66,1742
非ポリマー00
水12,268681
1
A: PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0871
ポリマ－33,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0871
ポリマ－33,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.509, 56.204, 84.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE MEMBRANE ANTIGEN / BIPD


分子量: 33087.219 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 8-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63K37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CLONING STRATEGY MEANS THAT THE EXPRESSED PROTEIN STARTS AT RESIDUE GLY 8 AND THE FOLLOWING ...THE CLONING STRATEGY MEANS THAT THE EXPRESSED PROTEIN STARTS AT RESIDUE GLY 8 AND THE FOLLOWING RESIDUE IS SER INSTEAD OF ARG IN THE CORRECT SEQUENCE. NONE OF THESE RESIDUES WERE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY ANYHOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 5.8
詳細: [BIPD]=4 MG/ML, 20-25% PEG 4000, 5MM NICKEL CHLORIDE, 0.1M GLYCINE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 5.0-5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97935
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 104464 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→10 Å / Num. parameters: 19327 / Num. restraintsaints: 17256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1394 5 %THIN SHELLS
obs0.226 -97.5 %-
all-28267 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4164 0 0 681 4845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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