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万見
- PDB-2ixt: SPHERICASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ixt
タイトルSPHERICASE
要素36KDA PROTEASE
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / SUBTILISIN LIKE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related ...Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 36kDa protease
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.8 Å
データ登録者Almog, O. / Gonzalez, A. / Godin, N.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structures of the Psychrophilic Subtilisin S41 and the Mesophilic Subtilisin Sph Reveal the Same Calcium-Loaded State.
著者: Almog, O. / Gonzalez, A. / Godin, N. / De Leeuw, M. / Mekel, M.J. / Klein, D. / Braun, S. / Shoham, G. / Walter, R.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The 0.93A Crystal Structure of Sphericase: A Calcium-Loaded Serine Protease from Bacillus Sphaericus
著者: Almog, O. / Gonzalez, A. / Klein, D. / Braun, S. / Shohamm, G.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 36KDA PROTEASE
B: 36KDA PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,13012
ポリマ－63,7292
非ポリマー40110
水18,2311012
1
A: 36KDA PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0656
ポリマ－31,8651
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 36KDA PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0656
ポリマ－31,8651
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.088, 62.668, 84.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 315
2116B1 - 315

-
要素

#1: タンパク質 36KDA PROTEASE


分子量: 31864.654 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 122-431 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9S3L6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 10.83 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.8→84.5 Å / Num. obs: 411650 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェルMean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EA7

1ea7


解像度: 0.8→84.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.313 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.154 20621 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.138 411650 81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20.04 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.8→84.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4478 0 10 1012 5500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9317466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4923.0018393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2135779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37625.284229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.40915798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4311522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3440.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.23959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.22743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22721
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2491.53654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72625792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44632008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1174.51653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3498 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.285
loose thermal0.7810
LS精密化 シェル解像度: 0.8→0.83 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 1320
Rwork0.358 24208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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