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- PDB-2ixq: The solution structure of the invasive tip complex from Afa-Dr fibrils -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ixq
タイトルThe solution structure of the invasive tip complex from Afa-Dr fibrils
要素
  • Afimbrial adhesin AFA-III
  • Protein AfaD
キーワードCELL ADHESION / IG-LIKE DOMAIN / AFIMBRIAL SHEATH / STRUCTURAL PROTEIN / DONOR STRAND COMPLEMENTED / DAF / AFAE / UPEC / DAEC / FIMBRIA
機能・相同性
機能・相同性情報


Enterobacteria AfaD invasin / Enterobacteria AfaD invasin protein / Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like ...Enterobacteria AfaD invasin / Enterobacteria AfaD invasin protein / Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AfaD / Afimbrial adhesin AFA-III / AfaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Cota, E. / Jones, C. / Simpson, P. / Altroff, H. / Anderson, K.L. / du Merle, L. / Guignot, J. / Servin, A. / Le Bouguenec, C. / Mardon, H. / Matthews, S.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2006
タイトル: The solution structure of the invasive tip complex from Afa/Dr fibrils.
著者: Cota, E. / Jones, C. / Simpson, P. / Altroff, H. / Anderson, K.L. / du Merle, L. / Guignot, J. / Servin, A. / Le Bouguenec, C. / Mardon, H. / Matthews, S.
履歴
登録2006年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年12月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_close_contact / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AfaD
B: Afimbrial adhesin AFA-III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7682
ポリマ－30,7682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Protein AfaD


分子量: 15311.866 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 26-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: afaD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47038, UniProt: Q7BG36*PLUS
#2: タンパク質 Afimbrial adhesin AFA-III


分子量: 15456.051 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 38-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: afaE3, afaE-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57254
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software名称: CNS
開発者: BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN
分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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