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- PDB-2ixe: Crystal structure of the ATPase domain of TAP1 with ATP (D645N mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ixe
タイトルCrystal structure of the ATPase domain of TAP1 with ATP (D645N mutant)
要素ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1
キーワードHYDROLASE / ABC ATPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / TAP2 binding ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / TAP2 binding / TAP1 binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / MHC class I protein binding / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / defense response / MHC class I peptide loading complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / ADP binding / transmembrane transport / peptide antigen binding / centriolar satellite / protein transport / adaptive immune response / nucleotide binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Antigen peptide transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Procko, E. / Ferrin-O'Connell, I. / Ng, S.-L. / Gaudet, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Distinct Structural and Functional Properties of the ATPase Sites in an Asymmetric Abc Transporter.
著者: Procko, E. / Ferrin-O'Connell, I. / Ng, S.-L. / Gaudet, R.
履歴
登録2006年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1
D: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1237
ポリマ－58,9652
非ポリマー1,1585
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-34.1 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.431, 80.431, 168.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99721, -0.01671, 0.07271), (-0.02659, -0.83104, -0.55557), (0.06971, -0.55596, 0.82828)
ベクター: -44.13889, 24.91733, 8.85256)

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要素

#1: タンパク質 ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1 / TAP1 / APT1 / PEPTIDE TRANSPORTER TAP1 / ATP-BINDING CASSETTE SUB-FAMILY B MEMBER 2


分子量: 29482.443 Da / 分子数: 2 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 465-725 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TRANSPORTER ASSOCIATED WITH ANTIGEN PROCESSING 1 (TAP1)
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36370
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 645 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 645 TO ASN
配列の詳細RESIDUE 464 IS THE START METHIONINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 4C WITH A RESERVOIR CONTAING 1.0 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38086 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JJ7

1jj7


解像度: 2→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.288 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2705 7.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 35301 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3767 0 69 332 4168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.9865399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73538364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1685509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07323.892167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56715618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.23586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.22358
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.20.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.53221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6423972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06131666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.614.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 160
Rwork0.237 2520
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2971.49280.32343.88730.20122.66240.11810.3978-0.04620.024-0.0489-0.26450.06130.2079-0.0692-0.1805-0.1065-0.0468-0.0374-0.0161-0.3466-0.91222.041-5.653
24.81112.71141.14973.89291.47941.7977-0.1580.9422-0.194-0.27910.3224-0.3401-0.05520.3745-0.1644-0.1274-0.128-0.01230.1725-0.0129-0.2575-0.67619.324-12.641
35.11131.3805-0.88662.81750.05866.78810.14810.1027-0.231-0.04310.0368-0.09770.4434-0.2428-0.185-0.1-0.0493-0.0493-0.1380.0056-0.2357-16.8842.074-18.496
46.38273.76620.15863.67130.26412.76740.2564-0.3491-0.88220.4001-0.1948-0.51250.17780.4602-0.0616-0.0976-0.0275-0.08640.01910.07-0.1463-11.5847.265-2.829
56.8043.212-0.61129.927-6.3527.56060.4783-1.34650.02421.0547-0.15250.0032-0.1026-0.3773-0.32580.0561-0.2246-0.0670.25170.0139-0.3156-8.57918.8519.512
62.098-0.29180.18872.06430.15322.27770.03490.125-0.1136-0.1403-0.07760.14020.0483-0.11940.0427-0.1949-0.02630.0189-0.23970.0068-0.3197-44.30410.041-8.543
71.3168-1.29890.24342.91970.21111.89470.05490.25040.1345-0.2053-0.09520.0469-0.1664-0.10840.0403-0.1782-0.00520.0104-0.17650.0241-0.2929-45.7115.896-12.404
812.6260.6629-0.64886.9992-1.20194.30360.67870.31971.31610.5334-0.4197-0.3298-0.920.5006-0.25910.2639-0.18070.1062-0.01720.06180.0548-29.11334.115-8.358
94.87821.3022-1.67631.53080.28864.42610.1371-0.45370.19420.0766-0.074-0.1678-0.27350.3883-0.0631-0.1609-0.05630.0067-0.1414-0.019-0.2695-33.42420.9141.922
102.56080.00911.79021.5184-0.11468.91080.0825-0.2708-0.34410.1999-0.0163-0.34750.71810.494-0.0662-0.0990.0029-0.0005-0.13210.0618-0.2385-34.7083.6065.999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A470 - 519
2X-RAY DIFFRACTION2A520 - 564
3X-RAY DIFFRACTION3A565 - 638
4X-RAY DIFFRACTION4A639 - 683
5X-RAY DIFFRACTION5A684 - 719
6X-RAY DIFFRACTION6D467 - 519
7X-RAY DIFFRACTION7D520 - 562
8X-RAY DIFFRACTION8D565 - 638
9X-RAY DIFFRACTION9D639 - 683
10X-RAY DIFFRACTION10D684 - 721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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