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- PDB-2ixd: Crystal structure of the putative deacetylase BC1534 from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ixd
タイトルCrystal structure of the putative deacetylase BC1534 from Bacillus cereus
要素LMBE-RELATED PROTEIN
キーワードHYDROLASE / HEXAMER / DEACETYLASE / ROSSMANN FOLD / ZINC-DEPENDENT METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / deacetylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacillithiol biosynthesis deacetylase, BshB1 / LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fadouloglou, V.E. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Bczbp, a Zinc-Binding Protein from Bacillus Cereus
著者: Fadouloglou, V.E. / Deli, A. / Glykos, N.M. / Psylinakis, E. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary Characterization of a Putative Lmbe-Like Deacetylase from Bacillus Cereus
著者: Fadouloglou, V.E. / Kotsifaki, D. / Gazi, A.D. / Fellas, G. / Meramveliotaki, C. / Deli, A. / Psylinakis, E. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2006年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LMBE-RELATED PROTEIN
B: LMBE-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7626
ポリマ－54,5132
非ポリマー2494
水8,485471
1
A: LMBE-RELATED PROTEIN
B: LMBE-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子

A: LMBE-RELATED PROTEIN
B: LMBE-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子

A: LMBE-RELATED PROTEIN
B: LMBE-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,28518
ポリマ－163,5386
非ポリマー74712
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area22010 Å2
ΔGint-356.1 kcal/mol
Surface area48180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.892, 75.892, 404.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2020-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.94418, -0.32914, 0.01347), (-0.32929, -0.94416, 0.01119), (0.00903, -0.015, -0.99985)
ベクター: 12.38713, 83.6343, 338.22656)

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要素

#1: タンパク質 LMBE-RELATED PROTEIN / BC1534 PUTATIVE DEACETYLASE


分子量: 27256.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81FP2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 14-26% MPD, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.2821
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.8 Å / Num. obs: 40471 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 65.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UAN

1uan


解像度: 1.8→55.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1998 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 37533 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 10 471 4107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.9715126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6665460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0970.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.51.52309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22563721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82141504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.90581405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.266 107
Rwork0.237 1870
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2010.26130.30771.06890.23752.6274-0.00510.07260.1089-0.1120.0204-0.1191-0.20530.1304-0.01540.0715-0.01570.06240.130.01210.086919.267650.7025152.9337
21.0186-0.102-0.04371.1920.30592.00270.02450.022-0.1445-0.020.0186-0.07180.19280.0722-0.04310.02180.0299-0.01820.06180.01020.074915.859531.1539184.8631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 233
2X-RAY DIFFRACTION1A234
3X-RAY DIFFRACTION1A235
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 231
5X-RAY DIFFRACTION2B232
6X-RAY DIFFRACTION2B233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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