PDB-2ix0: RNase II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ix0

タイトル

RNase II

要素

EXORIBONUCLEASE 2

キーワード

HYDROLASE / S1 / RNA / CSD / RNB / NUCLEASE / RNASE II / RNA- BINDING / EXONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / mRNA catabolic process / 3'-5' exonuclease activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Frazao, C. / Mcvey, C.E. / Amblar, M. / Barbas, A. / Vonrhein, C. / Arraiano, C.M. / Carrondo, M.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Unravelling the Dynamics of RNA Degradation by Ribonuclease II and its RNA-Bound Complex
著者: Frazao, C. / Mcvey, C.E. / Amblar, M. / Barbas, A. / Vonrhein, C. / Arraiano, C.M. / Carrondo, M.A.

履歴

登録	2006年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ix0.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ix0.ent.gz	115.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ix0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ix0_validation.pdf.gz	736.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ix0_full_validation.pdf.gz	753 KB	表示
XML形式データ	2ix0_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	2ix0_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ix1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2id0-2 2id0-1 2id0-4 2id0-3 5x41-2 1m3e-1 4dql-3 1h2v-d 5wdf-d 5x3x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: EXORIBONUCLEASE 2

ヘテロ分子

75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.836, 125.719, 66.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	EXORIBONUCLEASE 2 / RNASE II / EXORIBONUCLEASE II / RIBONUCLEASE II 分子量: 74598.945 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 6-644 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: C600 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30850, exoribonuclease II
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAGGED PROTEIN, WHERE THE FIRST 5 RESIDUES, MFQDN, ARE REPLACED BY ...N-TERMINAL HIS-TAGGED PROTEIN, WHERE THE FIRST 5 RESIDUES, MFQDN, ARE REPLACED BY MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLED. N- TERMINUS INVISIBLE IN ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 8-12 MG/ML 3% GLYCEROL 1 MM MGCL2 100 MM KCL AND 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, AND 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION, 22 % PEG 4K, ...詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 8-12 MG/ML 3% GLYCEROL 1 MM MGCL2 100 MM KCL AND 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, AND 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION, 22 % PEG 4K, 0.6M CA ACETATE AND 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, AT 293 K

結晶

マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.73 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 8-12 MG/ML 3% GLYCEROL 1 MM MGCL2 100 MM KCL AND 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, AND 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION, 22 % PEG 4K, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.975
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→43.94 Å / Num. obs: 31569 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 2.44→2.53 Å / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IX1

2ix1

解像度: 2.44→62.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 17.3 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DISOREDERED N-TERMINUS UNTIL RESIDUE 4 AND LOOP BETWEEN REIDUES 30-33 AND 67-70 WERE NOT MODELLED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1576	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.19	29969	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→62.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5042	0	23	145	5210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.32	1.964	7162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.412	3	11380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.962	5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.942	23.271	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.785	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.693	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.415	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.141	0.2	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.434	2	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.707	3	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.984	4	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.488	6	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.51 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.261	88
R_work	0.261	2131

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1231	-0.3041	-0.0238	0.8005	-0.308	2.7384	0.0725	0.1972	0.1394	-0.2348	0.0444	0.1408	-0.0647	-0.2799	-0.1169	0.0489	-0.0127	-0.0756	0.1188	0.0058	-0.0317	25.1828	4.3869	0.7738
2	1.0322	-0.3815	-0.9342	0.2706	-0.1481	2.7241	0.0103	-0.0571	0.0731	-0.0541	0.0402	-0.0301	0.1819	-0.0299	-0.0505	0.0237	-0.0241	0.0078	0.0844	0.0022	0.0632	24.1777	1.0051	26.649
3	0.0633	-0.1994	-0.0448	1.562	0.1664	0.067	-0.2106	-0.0559	-0.0897	0.2721	0.1386	-0.0903	-0.0759	0.139	0.072	0.1117	0.0203	-0.0418	0.0881	-0.0171	0.0821	6.3641	30.5521	51.7543
4	1.0478	0.8497	0.8643	1.128	0.639	1.1697	-0.0583	-0.1304	-0.0965	0.2538	0.1193	0.1656	-0.0233	0.0362	-0.061	0.1066	0.0983	0.0813	-0.0166	0.0195	0.1168	-9.8002	31.4241	52.9513
5	1.6335	1.1959	0.3396	0.8754	0.2486	0.0706	0.3907	-0.4945	-0.0801	-0.594	-0.3635	0.3312	-0.2851	0.0079	-0.0273	0.1772	0.1072	0.0823	0.113	0.0404	0.0949	-4.5568	9.2925	46.8825
6	0.2326	0.3085	0.362	1.3159	0.1417	1.2824	-0.1052	-0.0389	0.1559	-0.3089	-0.069	0.1658	-0.1007	0.0089	0.1742	0.1038	0.0494	-0.0443	-0.0348	0.0219	0.0896	-7.3237	28.4922	27.1098
7	0.1986	0.6997	-0.3127	3.3767	-0.7201	0.6522	0.0767	-0.0102	0.0803	-0.1353	0.1453	-0.278	-0.0414	0.1446	-0.2219	0.074	-0.0029	0.0102	0.0718	-0.0435	0.1116	9.8418	27.7226	38.6742
8	0.4353	0.1201	1.1152	0.6493	0.3353	2.8582	-0.0652	0.0244	-0.0358	0.0376	0.0896	0.1627	-0.1313	0.2444	-0.0244	0.0016	-0.0421	0.0148	0.0986	0.0042	0.1086	-6.3727	-2.6854	26.5952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	170 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	267 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	360 - 387
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	388 - 497
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	498 - 548
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	549 - 644

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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