PDB-2iwy: Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iwy

タイトル

Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / MITOCHONDRIA / MITOCHONDRION / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE / TRANSIT PEPTIDE / ACYLTRANSFERASE / CLAISEN CONDENSATION / KAS / CERULENIN / HOMO SAPIENS

機能・相同性

機能・相同性情報

short-chain fatty acid biosynthetic process / medium-chain fatty acid biosynthetic process / acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / Mitochondrial protein degradation / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Christensen, C.E. / Kragelund, B.B. / von Wettstein-Knowles, P. / Henriksen, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure of the Human Beta-Ketoacyl [Acp] Synthase from the Mitochondrial Type II Fatty Acid Synthase.
著者: Christensen, C.E. / Kragelund, B.B. / von Wettstein-Knowles, P. / Henriksen, A.

履歴

登録	2006年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2iwy.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2iwy_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iwy_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	2iwy_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	2iwy_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iwzC 2ix4C 1w0iS 2c9h C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c9h-1 3kzu-1 2iwz-d 1w0i-d 3e60-d 1e5m-1 4c2j-1 3ujs-d 5w2q-1 2wge-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.626, 96.061, 115.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE / BETA-KETOACYL SYNTHASE 分子量: 46439.566 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 38-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SUMIO SUGANO, UNIVERSITY OF TOKYO / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / Variant (発現宿主): PREP4 参照: UniProt: Q9NWU1, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GENETICALLY MODIFIED N-TERMINAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	pH: 7.8 / 詳細: 24% PEG-3350, 0.2 M NH4CL, pH 7.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.063
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.063 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→36.9 Å / Num. obs: 51373 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W0I

1w0i

解像度: 2.06→36.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 7.59 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: DISORDERED SIDE CHAINS ARE NOT INCLUDE IN THE THE MODEL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	2496	5 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.163	47479	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→36.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6242	0	2	410	6654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.103	1.959	8700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.372	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.604	23.865	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.249	15	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.353	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	4384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.899	3	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.11	6	6672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.43	3	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.061	6	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.231	138
R_work	0.173	2834

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2317	-0.5675	0.1036	0.4274	-0.1618	1.3251	-0.0049	-0.0496	0.1221	0.0358	-0.0035	-0.0107	-0.223	0.242	0.0084	0.0242	-0.082	-0.0126	-0.0033	-0.0011	-0.0196	25.859	47.399	20.281
2	0.2691	-0.0101	0.046	0.0361	0.058	0.6426	0.0058	0.0072	0.0595	-0.0131	-0.0156	0.0148	-0.0819	0.2182	0.0099	0.01	-0.0298	0.0052	0.0469	-0.0091	0.0059	25.497	38.813	26.396
3	0.263	0.0956	-0.4555	1.0796	-0.3782	0.8323	-0.0407	0.0655	-0.0301	-0.0494	-0.0668	-0.1255	-0.0243	0.0939	0.1075	0.0176	0.01	-0.0113	-0.0047	0.0134	0.0324	14.814	37.795	9.966
4	0.8345	-0.1728	-0.1401	0.4075	0.0146	1.5699	-0.0521	0.1287	-0.0399	-0.0269	-0.019	0.0215	0.0636	0.2882	0.0711	-0.0333	0.0117	0.0353	0.0829	-0.0121	-0.0323	27.772	30.331	4.693
5	0.9707	0.1996	0.1867	1.2005	-0.8655	1.8855	-0.0212	0.164	-0.078	-0.1197	0.0839	-0.0872	0.0829	0.3111	-0.0627	0.024	0.0102	0.035	0.052	-0.0147	-0.015	20.87	33.541	4.535
6	0.6911	0.4144	0.339	0.8817	0.1706	1.1897	0.1428	-0.1211	-0.1255	0.1676	-0.1253	-0.0504	0.3073	-0.0062	-0.0175	0.033	-0.0166	-0.002	-0.0223	0.0155	-0.0121	9.251	21.826	41.15
7	0.6555	0.36	0.0115	0.2037	-0.0632	0.7951	0.0067	-0.0915	-0.1064	0.0069	-0.1006	-0.0228	0.1373	0.082	0.094	0.0429	0.0304	0.0157	-0.0067	0.0365	0.0426	17.436	24.114	28.982
8	0.8259	0.4347	0.4628	0.6067	0.3609	1.0488	0.0849	-0.176	-0.0016	0.0553	-0.0977	0.0491	0.0702	-0.1118	0.0128	0.0108	-0.0298	0.0288	-0.0012	-0.04	-0.0192	4.001	31.761	38.827
9	1.5123	0.6449	0.1247	0.352	0.1716	1.2437	0.0942	-0.2468	0.2395	0.0451	-0.1795	0.1555	-0.0717	-0.1479	0.0853	0.021	-0.0096	0.046	-0.0061	-0.088	0.031	-5.39	38.815	38.774
10	1.3207	0.19	0.4458	0.1378	-0.3189	1.4792	0.0744	-0.0871	0.029	0.1383	0.0152	0.0845	-0.1451	-0.2278	-0.0896	0.0115	0.004	0.0311	0.0015	-0.0353	0.0704	-7.009	33.613	32.47

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	159 - 284
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	285 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	321 - 431
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	432 - 459
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	37 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	131 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	240 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	313 - 430
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	431 - 459

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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