PDB-2iwv: Structure of the monomeric outer membrane porin OmpG in the open ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iwv

タイトル

Structure of the monomeric outer membrane porin OmpG in the open and closed conformation

要素

OUTER MEMBRANE PROTEIN G

キーワード

ION CHANNEL / TRANSMEMBRANE / OUTER MEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ION TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yildiz, O. / Vinothkumar, K.R. / Goswami, P. / Kuehlbrandt, W.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Monomeric Outer-Membrane Porin Ompg in the Open and Closed Conformation.
著者: Yildiz, O. / Vinothkumar, K.R. / Goswami, P. / Kuhlbrandt, W.

履歴

登録	2006年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iwv.cif.gz	598.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iwv.ent.gz	507.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iwv_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iwv_full_validation.pdf.gz	631.1 KB	表示
XML形式データ	2iwv_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	2iwv_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iwwC 2f1c C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zhp-d 3poq-d 1gfp-d 1gfn-d 1mpf-d 1gfo-d 3pou-d 1gfq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

B: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

C: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

D: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: OUTER MEMBRANE PROTEIN G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.600, 77.000, 103.900
Angle α, β, γ (deg.)	79.30, 73.40, 74.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	4 - 280
2	1	1	1	B	4 - 280
3	1	1	1	C	4 - 280
4	1	1	1	D	4 - 280
1	2	1	2	A	301 - 305
2	2	1	2	B	301 - 305
3	2	1	2	C	301 - 305
4	2	1	2	D	301 - 305
1	3	1	1	A	401 - 416
2	3	1	1	B	401 - 416
3	3	1	1	C	401 - 416
4	3	1	1	D	401 - 416
1	1	2	1	A	421 - 423
2	1	2	1	B	421 - 423
3	1	2	1	C	421 - 423
1	1	3	1	A	431 - 434
2	1	3	1	C	431 - 434
3	1	3	1	D	431 - 434
1	1	4	1	A	440
2	1	4	1	B	440
3	1	4	1	D	440
1	1	5	1	A	452 - 454
2	1	5	1	B	452 - 454
1	1	6	1	A	462
2	1	6	1	C	462
1	1	7	1	A	471
2	1	7	1	D	471

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	OUTER MEMBRANE PROTEIN G / OMPG 分子量: 32936.527 Da / 分子数: 4 / 断片: TRANSMEMBRANE BETA-BARREL, RESIDUES 22-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76045
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	... ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化	pH: 7.9 / 詳細: 100 MM HEPES PH 7.5 30% PEG 4000 200 MM CACL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.1761
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1761 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 240777 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 4.2 / 冗長度: 2.98 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→14.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 25.649 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	4210	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.226	79984	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.98 Å²	-1.84 Å²	6.91 Å²
2-	-	-1.36 Å²	-1.79 Å²
3-	-	-	-3.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9192	0	2476	460	12128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	11778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.504	2.088	15500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.575	5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.005	24.161	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.491	15	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.706	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.182	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.341	0.2	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.318	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.194	3	5562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.651	5	8714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.358	6	6934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.962	7	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2543	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	2543	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	2543	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	2543	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	48	tight positional	0.17	0.05
2	2	B	48	tight positional	0.28	0.05
2	3	C	48	tight positional	0.25	0.05
3	1	A	64	tight positional	0.11	0.05
3	2	C	64	tight positional	0.19	0.05
3	3	D	64	tight positional	0.13	0.05
4	1	A	16	tight positional	0.04	0.05
4	2	B	16	tight positional	0.03	0.05
4	3	D	16	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	48	tight positional	0.21	0.05
6	1	A	16	tight positional	0.09	0.05
7	1	A	16	tight positional	0.31	0.05
1	1	A	2543	tight thermal	0.1	0.5
1	2	B	2543	tight thermal	0.1	0.5
1	3	C	2543	tight thermal	0.09	0.5
1	4	D	2543	tight thermal	0.09	0.5
2	1	A	48	tight thermal	0.04	0.5
2	2	B	48	tight thermal	0.04	0.5
2	3	C	48	tight thermal	0.04	0.5
3	1	A	64	tight thermal	0.05	0.5
3	2	C	64	tight thermal	0.05	0.5
3	3	D	64	tight thermal	0.05	0.5
4	1	A	16	tight thermal	0.03	0.5
4	2	B	16	tight thermal	0.04	0.5
4	3	D	16	tight thermal	0.04	0.5
5	1	A	48	tight thermal	0.03	0.5
6	1	A	16	tight thermal	0.05	0.5
7	1	A	16	tight thermal	0.03	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.376	273
R_work	0.327	5198

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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