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万見
- PDB-2iwr: Gtpase Like Domain Of Centaurin Gamma 1 (Human) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iwr
タイトルGtpase Like Domain Of Centaurin Gamma 1 (Human)
要素CENTAURIN GAMMA 1
キーワードHYDROLASE / ANK REPEAT / ZINC-FINGER / GTP-BINDING / POLYMORPHISM / NUCLEOTIDE-BINDING / ALTERNATIVE SPLICING / PROTEIN TRANSPORT / GTPASE ACTIVATION / METAL-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / SGC / ZINC / CENTG1 / GTPASE / ONCOGENE / TRANSPORT / STRUCTUAL GENOMICS CONSORTIUM / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Flemming body / endosomal transport / protein kinase activator activity / positive regulation of protein kinase activity / GTPase activator activity / negative regulation of protein catabolic process / protein transport ...Netrin-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Flemming body / endosomal transport / protein kinase activator activity / positive regulation of protein kinase activity / GTPase activator activity / negative regulation of protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton organization / negative regulation of neuron apoptotic process / endosome / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / small GTPase Rab1 family profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...: / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / small GTPase Rab1 family profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Soundararajan, M. / Yang, X. / Papagrigoriou, E. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: The Centaurin Gamma-1 Gtpase-Like Domain Functions as an Ntpase.
著者: Soundararajan, M. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Sobott, F. / Doyle, D.A.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CENTAURIN GAMMA 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8471
ポリマ－19,8471
非ポリマー00
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.256, 62.146, 67.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CENTAURIN GAMMA 1 / ARF-GAP WITH GTP-BINDING PROTEIN-LIKE / ANKYRIN REPEAT AND PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAINS 2 / AGAP-2 / ...ARF-GAP WITH GTP-BINDING PROTEIN-LIKE / ANKYRIN REPEAT AND PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAINS 2 / AGAP-2 / PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-KINASE ENHANCER / PIKE / GTP-BINDING AND GTPASE ACTIVATING PROTEIN 2 / GGAP2


分子量: 19847.256 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPASE LIKE DOMAIN, RESIDUES 402-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CONSORTIUM CLONE ID 5218187 / プラスミド: PLIC-SGC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99490
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1M PCB PH6.0, 30% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20.72 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BMJ

2bmj


解像度: 1.5→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.052 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1019 4.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 23903 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 0 0 221 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9731826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44132217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.57623.16760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2915230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0091513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3330.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3160.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8023923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.62851367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8847522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.45811459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 48
Rwork0.174 1589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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