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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ivs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of non-phosphorylated RET tyrosine kinase domain | |||||||||
要素 | PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR RET | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / HIRSCHSPRUNG DISEASE / PHOSPHORYLATION / DISEASE MUTATION / PHOSPHOTRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / CHROMOSOMAL TRANSLOCATION / POLYMORPHISM / GDNF RECEPTOR / TRANSMEMBRANE / PROTO-ONCOGENE / TYROSINE KINASE / RET / KINASE / MEMBRANE / ATP-BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDF15-GFRAL signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein ...GDF15-GFRAL signaling pathway / Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / regulation of axonogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron projection development / MAPK cascade / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome membrane / early endosome / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / protein phosphorylation / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Knowles, P.P. / Murray-Rust, J. / McDonald, N.Q. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structure and Chemical Inhibition of the Ret Tyrosine Kinase Domain. 著者: Knowles, P.P. / Murray-Rust, J. / Kjaer, S. / Scott, R.P. / Hanrahan, S. / Santoro, M. / Ibanez, C.F. / McDonald, N.Q. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ivs.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ivs.ent.gz | 98.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ivs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.10484, -0.98257, 0.15349), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35708.234 Da / 分子数: 2 / 断片: TYROSINE KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 705-1013 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 5 N-TERMINAL VECTOR-DERIVED RESIDUES GPLSL / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBACPAK-HIS3 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 705-1013 CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PROTEIN 3 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM NACL, 1MM DTT RESERVOIR 2.0 M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP,295 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.9 Å / Num. obs: 41522 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 80.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GJO 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.64 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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