+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ivd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of protoporphyrinogen oxidase from Myxococcus xanthus with acifluorfen | ||||||
![]() | PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE / PORPHYRIN BIOSYNTHESIS / CHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / HAEM BIOSYNTHESIS / HEME BIOSYNTHESIS / FAD / PORPHYRIA / ACIFLUORFEN / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() protoporphyrinogen oxidase / oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity / phytoene dehydrogenase activity / carotenoid biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Protoporphyrinogen Oxidase from Myxococcus Xanthus and its Complex with the Inhibitor Acifluorfen. 著者: Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 148.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.67442, 0.73827, 0.01116), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50396.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 298分子 ![](data/chem/img/ACJ.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TWN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TWN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-TWN / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | CATALYZES THE 6-ELECTRON OXIDATION OF PROTOPORPH配列の詳細 | THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE ...THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1M TRIS/HCL PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULPHATE, 20% GLYCEROL, 1% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.4 Å / Num. obs: 55419 / % possible obs: 75.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 46.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.202 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 87-93 IN BOTH MOLECULES COULD NOT BE MODELLED VERY ACCURATELY DUE TO LOTS OF NOISE IN THE MAPS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.82 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.39 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|