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- PDB-2ite: Crystal structure of the IsdA NEAT domain from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ite
タイトルCrystal structure of the IsdA NEAT domain from Staphylococcus aureus
要素Iron-regulated surface determinant protein A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NEAT domain / heme / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-regulated surface determinant protein A / Iron-regulated surface determinant protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: Haem recognition by a Staphylococcus aureus NEAT domain.
著者: Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein A
B: Iron-regulated surface determinant protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7813
ポリマ－29,5742
非ポリマー2071
水7,008389
1
A: Iron-regulated surface determinant protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7871
ポリマ－14,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron-regulated surface determinant protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9942
ポリマ－14,7871
非ポリマー2071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.428, 58.243, 45.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein A / Staphylococcal transferrin-binding protein A / Fur-regulated protein A


分子量: 14787.022 Da / 分子数: 2 / 断片: NEAT Domain (residues 62-184) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: RN6390 / 遺伝子: isdA, frpA, stbA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A152, UniProt: Q2FZE9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.97879, 0.97927
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978791
20.979271
Reflection

Χ2: 0.99 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsNum. obs% possible obs
113.52211080.073676699.5
215.91622140.0493671299
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
3.235099.710.0470.989
2.563.2310010.080.983
2.242.5699.410.1261.017
2.042.2499.310.0980.996
1.892.0499.310.0840.98
1.781.8999.410.121.005
1.691.7899.310.1630.99
1.621.6999.310.2130.995
1.551.6299.610.2560.983
1.51.5599.310.3230.985
3.235099.820.0330.974
2.563.2310020.0581.007
2.242.5698.720.0540.992
2.042.2499.220.0511.003
1.892.0498.820.0751.009
1.781.899920.1150.989
1.691.7899.220.1650.987
1.621.699920.2260.973
1.551.6299.220.2810.976
1.51.5597.220.3560.993
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 36766 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.550.32336280.98599.3
1.55-1.620.25636810.98399.6
1.62-1.690.21336340.99599.3
1.69-1.780.16336690.9999.3
1.78-1.890.1236741.00599.4
1.89-2.040.08436470.9899.3
2.04-2.240.09836680.99699.3
2.24-2.560.12636621.01799.4
2.56-3.230.0837410.983100
3.23-500.04737620.98999.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
Phasing MADD res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.4 / 反射: 29984
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
12 wavelength10.97883.84-7.05
12 wavelength20.97933.85-8.32
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se9.1150.5720.9980.2360.511
2Se25.1680.0540.5710.2780.775
3Se14.890.5220.9380.2380.34
4Se15.540.0070.6790.3490.794
5Se22.7050.5340.890.160.334
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
5.82-500.511390
3.65-5.820.542482
2.85-3.650.513194
2.41-2.850.483751
2.13-2.410.444221
1.93-2.130.384642
1.77-1.930.324983
1.65-1.770.265321
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.53 / 反射: 29984 / Reflection acentric: 28842 / Reflection centric: 1142
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.6-45.0530.90.920.7813321192140
2.9-4.60.90.910.7940813846235
2.3-2.90.790.790.6450774874203
2-2.30.690.690.5250774909168
1.7-20.490.490.389238667256
1.6-1.70.320.320.1454945354140

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→45.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.647 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1520 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.168 ---
obs-29982 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 13 389 2382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9262771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3075240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.65125.66106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47515348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.15154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0181.51241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56521987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8393899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2724.5784
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 102 -
Rwork0.173 2061 -
obs-2163 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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