PDB-2ite: Crystal structure of the IsdA NEAT domain from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ite

タイトル

Crystal structure of the IsdA NEAT domain from Staphylococcus aureus

要素

Iron-regulated surface determinant protein A

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / NEAT domain / heme / iron

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: Haem recognition by a Staphylococcus aureus NEAT domain.
著者: Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2006年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ite.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ite.ent.gz	52.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ite.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ite_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ite_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	2ite_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	2ite_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/2ite ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/2ite	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2itfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2itf-2 2itf-1 3qzo-1 3qzo-2 6d5b-7 1khy-4 5bzn-d 5hfc-d 5hff-d 5hf1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Iron-regulated surface determinant protein A

B: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron-regulated surface determinant protein A

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Iron-regulated surface determinant protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.428, 58.243, 45.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Iron-regulated surface determinant protein A / Staphylococcal transferrin-binding protein A / Fur-regulated protein A 分子量: 14787.022 Da / 分子数: 2 / 断片: NEAT Domain (residues 62-184) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: RN6390 / 遺伝子: isdA, frpA, stbA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A152, UniProt: Q2FZE9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.97879, 0.97927

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97879	1
2	0.97927	1

Reflection

Χ²: 0.99 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Num. obs	% possible obs
1	13.5	221108	0.07	36766	99.5
2	15.9	162214	0.049	36712	99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
3.23	50	99.7	1	0.047	0.989
2.56	3.23	100	1	0.08	0.983
2.24	2.56	99.4	1	0.126	1.017
2.04	2.24	99.3	1	0.098	0.996
1.89	2.04	99.3	1	0.084	0.98
1.78	1.89	99.4	1	0.12	1.005
1.69	1.78	99.3	1	0.163	0.99
1.62	1.69	99.3	1	0.213	0.995
1.55	1.62	99.6	1	0.256	0.983
1.5	1.55	99.3	1	0.323	0.985
3.23	50	99.8	2	0.033	0.974
2.56	3.23	100	2	0.058	1.007
2.24	2.56	98.7	2	0.054	0.992
2.04	2.24	99.2	2	0.051	1.003
1.89	2.04	98.8	2	0.075	1.009
1.78	1.89	99	2	0.115	0.989
1.69	1.78	99.2	2	0.165	0.987
1.62	1.69	99	2	0.226	0.973
1.55	1.62	99.2	2	0.281	0.976
1.5	1.55	97.2	2	0.356	0.993

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 36766 / % possible obs: 99.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 0.994 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.5-1.55	0.323	3628	0.985	99.3
1.55-1.62	0.256	3681	0.983	99.6
1.62-1.69	0.213	3634	0.995	99.3
1.69-1.78	0.163	3669	0.99	99.3
1.78-1.89	0.12	3674	1.005	99.4
1.89-2.04	0.084	3647	0.98	99.3
2.04-2.24	0.098	3668	0.996	99.3
2.24-2.56	0.126	3662	1.017	99.4
2.56-3.23	0.08	3741	0.983	100
3.23-50	0.047	3762	0.989	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD

D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.4 / 反射: 29984

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	2 wavelength	1	0.9788	3.84	-7.05
1	2 wavelength	2	0.9793	3.85	-8.32

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	9.115	0.572	0.998	0.236	0.511
2	Se	25.168	0.054	0.571	0.278	0.775
3	Se	14.89	0.522	0.938	0.238	0.34
4	Se	15.54	0.007	0.679	0.349	0.794
5	Se	22.705	0.534	0.89	0.16	0.334

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
5.82-50	0.51	1390
3.65-5.82	0.54	2482
2.85-3.65	0.51	3194
2.41-2.85	0.48	3751
2.13-2.41	0.44	4221
1.93-2.13	0.38	4642
1.77-1.93	0.32	4983
1.65-1.77	0.26	5321

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.53 / 反射: 29984 / Reflection acentric: 28842 / Reflection centric: 1142

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
4.6-45.053	0.9	0.92	0.78	1332	1192	140
2.9-4.6	0.9	0.91	0.79	4081	3846	235
2.3-2.9	0.79	0.79	0.64	5077	4874	203
2-2.3	0.69	0.69	0.52	5077	4909	168
1.7-2	0.49	0.49	0.3	8923	8667	256
1.6-1.7	0.32	0.32	0.14	5494	5354	140

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→45.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.647 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	1520	5.1 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
all	0.168	-	-	-
obs	-	29982	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1980	0	13	389	2382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.926	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.307	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.651	25.66	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.475	15	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.15	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.565	2	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.839	3	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.272	4.5	784

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	102	-
R_work	0.173	2061	-
obs	-	2163	100 %

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