+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2isj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BluB bound to oxidized FMN | ||||||
![]() | BluB | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / oxidoreductase / flavin / monooxygenase / flavin destructase / vitamin b12 | ||||||
機能・相同性 | ![]() aerobic 5,6-dimethylbenzimidazole synthase / 5,6-dimethylbenzimidazole synthase activity / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / cobalamin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Larsen, N.A. / Taga, M.E. / Howard-Jones, A.R. / Walsh, C.T. / Walker, G.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: BluB cannibalizes flavin to form the lower ligand of vitamin B12. 著者: Taga, M.E. / Larsen, N.A. / Howard-Jones, A.R. / Walsh, C.T. / Walker, G.C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006 タイトル: Sinorhizobium meliloti bluB is necessary for production of 5,6-dimethlybenzimidazole, the lower ligand of B12. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 296.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological unit is a homodimer. There are 4 homodimers in the assymetric unit. Dimer 1: chain A and B, Dimer 2: chain C and D, Dimer 3: chain E and F, Dimer 4: chain G and H |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25820.369 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.8 M Ammonium Sulfate, 100 mM citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 81156 / Num. obs: 81156 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 3.3 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 91.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|