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万見
- PDB-2irw: Human 11-beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase (HSD1) with NADP and A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2irw
タイトルHuman 11-beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase (HSD1) with NADP and Adamantane Ether Inhibitor
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / HSD1 / NADP / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-NN4 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Patel, J.R. / Russell, J. / Qin, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Discovery of adamantane ethers as inhibitors of 11beta-HSD-1: Synthesis and biological evaluation.
著者: Patel, J.R. / Shuai, Q. / Dinges, J. / Winn, M. / Pliushchev, M. / Fung, S. / Monzon, K. / Chiou, W. / Wang, J. / Pan, L. / Wagaw, S. / Engstrom, K. / Kerdesky, F.A. / Longenecker, K. / ...著者: Patel, J.R. / Shuai, Q. / Dinges, J. / Winn, M. / Pliushchev, M. / Fung, S. / Monzon, K. / Chiou, W. / Wang, J. / Pan, L. / Wagaw, S. / Engstrom, K. / Kerdesky, F.A. / Longenecker, K. / Judge, R. / Qin, W. / Imade, H.M. / Stolarik, D. / Beno, D.W. / Brune, M. / Chovan, L.E. / Sham, H.L. / Jacobson, P. / Link, J.T.
履歴
登録2006年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
F: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
G: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
H: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,36624
ポリマ－232,3268
非ポリマー9,03916
水00
1
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3416
ポリマ－58,0822
非ポリマー2,2604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3416
ポリマ－58,0822
非ポリマー2,2604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA, PQS
3
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
F: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3416
ポリマ－58,0822
非ポリマー2,2604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA, PQS
4
G: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
H: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3416
ポリマ－58,0822
非ポリマー2,2604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)184.537, 184.537, 558.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F
14G
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHE1AA26 - 2891 - 264
21PHEPHE1BB26 - 2891 - 264
12THRTHR1CC26 - 2821 - 257
22PHEPHE1DD26 - 2891 - 264
13THRTHR4EE26 - 2821 - 257
23PHEPHE4FF26 - 2891 - 264
14PHEPHE4GG26 - 2891 - 264
24PHEPHE4HH26 - 2891 - 264

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-DH / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1


分子量: 29040.803 Da / 分子数: 8 / 断片: dehydrogenase domain (residues 25-288) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-NN4 / (1S,3R,4S,5S,7S)-4-{[2-(4-METHOXYPHENOXY)-2-METHYLPROPANOYL]AMINO}ADAMANTANE-1-CARBOXAMIDE


分子量: 386.485 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N2O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.74 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→182.57 Å / Num. obs: 66694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.203 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.215.50.47765901.1881100
3.21-3.345.50.3566071.221100
3.34-3.495.60.25765991.2171100
3.49-3.685.60.17866171.2341100
3.68-3.915.60.13666151.2271100
3.91-4.215.70.10466581.1951100
4.21-4.635.70.07766461.2141100
4.63-5.35.60.0766791.1521100
5.3-6.675.60.07867471.1431100
6.67-505.30.04169361.24199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→182.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 19.102 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE ARE LARGE BOND DEVIATIONS FOR LYS 238 IN ALL CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3377 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 66684 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å21.12 Å20 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→182.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16120 0 608 0 16728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2472.00723152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.43352090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25823.698622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.165152978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4811578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.28071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.211861
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0610.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3441.510630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63216696
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.86437216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5154.56456
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2107TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A2107TIGHT THERMAL0.140.5
2C2043TIGHT POSITIONAL0.040.05
2C2043TIGHT THERMAL0.060.5
3E2043MEDIUM POSITIONAL0.210.5
3E2043MEDIUM THERMAL0.52
4G2107MEDIUM POSITIONAL0.160.5
4G2107MEDIUM THERMAL0.682
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 247 -
Rwork0.314 4633 -
obs-4880 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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