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- PDB-2irf: CRYSTAL STRUCTURE OF AN IRF-2/DNA COMPLEX. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2irf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN IRF-2/DNA COMPLEX.
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
  • INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
キーワードGENE REGULATION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / IFN INDUCTION / IRF FAMILY / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 3 signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to virus / DNA-binding transcription factor activity / focal adhesion / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fujii, Y. / Shimizu, T. / Kusumoto, M. / Kyogoku, Y. / Taniguchi, T. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an IRF-DNA complex reveals novel DNA recognition and cooperative binding to a tandem repeat of core sequences.
著者: Fujii, Y. / Shimizu, T. / Kusumoto, M. / Kyogoku, Y. / Taniguchi, T. / Hakoshima, T.
履歴
登録1999年5月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
G: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
H: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
I: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
J: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
K: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
L: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,70118
ポリマ－104,46712
非ポリマー2356
水7,152397
1
A: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
G: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
H: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9006
ポリマ－34,8224
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
I: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
J: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9006
ポリマ－34,8224
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')
K: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
L: INTERFERON REGULATORY FACTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9006
ポリマ－34,8224
非ポリマー782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.300, 132.300, 296.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*(5IU)P*GP*A)-3')


分子量: 3871.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*(5IU)P*T)-3')


分子量: 3979.403 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
INTERFERON REGULATORY FACTOR 2 / IRF-2


分子量: 13485.710 Da / 分子数: 6 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23906
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.64 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 50 MM MES-K (PH 5.8), 50 MM KCL, 4% 2-MPD,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2KCL11
3MPD11
4MES12
5KCL12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMMes-K1reservoir
250 mM1reservoirKCl
34 %1reservoir
4protein1drop
513mer DNA1drop
61

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 35660 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 35.8 % / Biso Wilson estimate: 22.26 Å2 / Rsym value: 0.062
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
Num. obs: 69536 / Num. measured all: 2494554 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 8 5 %
Rwork0.202 --
obs0.202 35660 88.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5484 1504 12 397 7397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 8 4.6 %
Rwork0.261 --
obs--81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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