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- PDB-2iqf: Crystal structure of Helicobacter pylori catalase compound I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iqf
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori catalase compound I
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxoferryl heme / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN ATOM / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Carpena, X. / Fita, I.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: The structures and electronic configuration of compound I intermediates of Helicobacter pylori and Penicillium vitale catalases determined by X-ray crystallography and QM/MM density ...タイトル: The structures and electronic configuration of compound I intermediates of Helicobacter pylori and Penicillium vitale catalases determined by X-ray crystallography and QM/MM density functional theory calculations.
著者: Alfonso-Prieto, M. / Borovik, A. / Carpena, X. / Murshudov, G. / Melik-Adamyan, W. / Fita, I. / Rovira, C. / Loewen, P.C.
履歴
登録2006年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9127
ポリマ－117,5882
非ポリマー1,3245
水15,925884
1
A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子

A: Catalase
B: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,82414
ポリマ－235,1764
非ポリマー2,64810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area50170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.385, 154.286, 95.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Catalase


分子量: 58794.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: katA / プラスミド: pSO100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: P77872, catalase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG MME550, 0.1M Sodium citrate, 10mM ZnSO4, 3mM Sodium azide, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日
放射モノクロメーター: SI 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→37 Å / Num. all: 80997 / Num. obs: 74135 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11375 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QWL

1qwl


解像度: 1.86→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.738 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18845 3928 5 %RANDOM
Rwork0.14847 ---
obs0.15051 74135 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.633 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8135 0 92 884 9111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.96911530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.394314246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3025982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84623.589443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.184151383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5391557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.26348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.24046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0071.56354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2091.51966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15327980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93134362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6254.53546
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 265 -
Rwork0.209 5503 -
obs--97.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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