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万見
- PDB-2ipm: Crystal structure of a disulfide mutant glucose binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipm
タイトルCrystal structure of a disulfide mutant glucose binding protein
要素D-galactose-binding periplasmic protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glucose binding protein / periplasmic binding protein / disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


methylgalactoside transport / galactose transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
D-galactose-binding periplasmic protein MglB-like, PBP domain / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The free energy cost of domain reorganization in E. coli glucose binding protein
著者: Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-galactose-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7113
ポリマ－34,4911
非ポリマー2202
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.190, 36.600, 64.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 D-galactose-binding periplasmic protein / GBP / D-galactose/D-glucose-binding protein / GGBP


分子量: 34490.844 Da / 分子数: 1 / 変異: N15C, L238C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mglB / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEE5
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 6000, 50mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. all: 103523 / Num. obs: 103523 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.12→1.19 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 9230 / Χ2: 0.775 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HPH

2hph


解像度: 1.12→31.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.966 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 5176 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.159 103510 --
obs0.159 103510 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→31.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2474 0 13 435 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9663499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88934205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5555359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74927.043115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85915461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.376156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.21813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0830.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9111.51680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3521.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30422631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8223996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6184.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.05734622
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.3813436
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.96834170
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.146 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 287 -
Rwork0.223 5457 -
obs-5744 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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