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- PDB-2iod: Binding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iod
タイトルBinding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-reductase alters the functional geometry of the catalytic site
要素Dihydroflavonol 4-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroflavanol 4-reductase activity / flavanone 4-reductase activity / dihydroflavonol 4-reductase / flavanone 4-reductase / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / flavonoid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYC / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydroflavonol 4-reductase / Flavanone 4-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Petit, P. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-reductase alters the functional geometry of the catalytic site
著者: Petit, P. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B.
履歴
登録2006年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroflavonol 4-reductase
B: Dihydroflavonol 4-reductase
C: Dihydroflavonol 4-reductase
D: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,29716
ポリマ－150,7774
非ポリマー5,52012
水13,836768
1
A: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0744
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,3803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0744
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,3803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0744
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,3803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0744
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,3803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.231, 177.958, 92.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUMETMETAA6 - 886 - 88
21GLUGLUMETMETBB6 - 886 - 88
31GLUGLUMETMETCC6 - 886 - 88
41GLUGLUMETMETDD6 - 886 - 88
52LYSLYSHISHISAA93 - 32993 - 329
62LYSLYSHISHISBB93 - 32993 - 329
72LYSLYSHISHISCC93 - 32993 - 329
82LYSLYSHISHISDD93 - 32993 - 329

-
要素

#1: タンパク質
Dihydroflavonol 4-reductase


分子量: 37694.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: dfr1 / プラスミド: PQE(30XA) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4)
参照: UniProt: P93799, UniProt: P51110*PLUS, dihydroflavonol 4-reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-MYC / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 3,3',4',5,5',7-HEXAHYDROXYFLAVONE / MYRICETIN / CANNABISCETIN / ミリセチン


分子量: 318.235 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 768 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 50mM NaCl, 29% PEG3350, 100mM Hepes, 3mM NaN3, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si (311) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→89.535 Å / Num. obs: 89953 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 30567 / Num. unique all: 12398 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ProDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2c29

2c29


解像度: 2.06→89.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4501 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.193 ---
obs0.193 89894 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0.85 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----2.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.261 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→89.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9981 0 376 768 11125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9252.00114521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.316316893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8151297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.87723.869398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.464151694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0341544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.27042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.25165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.24803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1750.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.56836474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other032599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.877610471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77834156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.82864048
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1889MEDIUM POSITIONAL0.230.5
2B1889MEDIUM POSITIONAL0.160.5
3C1889MEDIUM POSITIONAL0.160.5
4D1889MEDIUM POSITIONAL0.170.5
1A2188LOOSE POSITIONAL0.495
2B2188LOOSE POSITIONAL0.475
3C2188LOOSE POSITIONAL0.425
4D2188LOOSE POSITIONAL0.415
1A1889MEDIUM THERMAL2.022
2B1889MEDIUM THERMAL2.082
3C1889MEDIUM THERMAL1.752
4D1889MEDIUM THERMAL2.272
1A2188LOOSE THERMAL3.9910
2B2188LOOSE THERMAL3.8610
3C2188LOOSE THERMAL3.2710
4D2188LOOSE THERMAL4.310
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.114 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 294 -
Rwork0.299 5837 -
obs-6131 91.28 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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