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万見
- PDB-2inv: Crystal structure of Inulin fructotransferase in the presence of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2inv
タイトルCrystal structure of Inulin fructotransferase in the presence of di-fructose
要素Inulin fructotransferase
キーワードLYASE / right-handed parallel beta-helix / protein-carbohydrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Inulin fructotransferase, beta helix repeat / Beta helix repeat of Inulin fructotransferase / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHONATE / Inulin fructotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. snu-7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rhee, S. / Jung, W.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional insights into intramolecular fructosyl transfer by inulin fructotransferase
著者: Jung, W.S. / Hong, C.K. / Lee, S. / Kim, C.S. / Kim, S.J. / Kim, S.I. / Rhee, S.
履歴
登録2006年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年10月14日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / struct
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inulin fructotransferase
B: Inulin fructotransferase
C: Inulin fructotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9778
ポリマ－130,7913
非ポリマー1,1875
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.166, 91.900, 92.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Inulin fructotransferase


分子量: 43596.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. snu-7 (バクテリア) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q3SAG3, inulin fructotransferase (DFA-III-forming)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ha122h-2b_2-5]/1-1/a1-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-2PO / PHOSPHONATE / ホスホン酸ジアニオン


分子量: 79.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M ammonium phosphate, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月16日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 101292 / Num. obs: 93099 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 10070 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2INU

2inu


解像度: 1.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 9334 -RANDOM
Rwork0.207 ---
all-101649 --
obs-93055 82.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8946 0 77 625 9648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.782
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.189
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.234
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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