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万見
- PDB-2imm: Refined crystal structure of a recombinant immunoglobulin domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2imm
タイトルRefined crystal structure of a recombinant immunoglobulin domain and a complementarity-determining region 1-grafted mutant
要素IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Steipe, B. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined crystal structure of a recombinant immunoglobulin domain and a complementarity-determining region 1-grafted mutant.
著者: Steipe, B. / Pluckthun, A. / Huber, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of the VL Domain of the Antibody Mc/Pc603 Produced in Escherichia Coli
著者: Glockshuber, R. / Steipe, B. / Huber, R. / Pluckthun, A.
履歴
登録1993年3月1日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4973
ポリマ－12,3421
非ポリマー1552
水2,180121
1
A: IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子

A: IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9946
ポリマ－24,6832
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_676x-y+1,-y+2,-z+11
Buried area1970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA, PQS
2
A: IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子

A: IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9946
ポリマ－24,6832
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area1170 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.500, 86.500, 74.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 8 AND PRO 95 ARE CIS-PROLINES.
2: RESIDUES LYS 103 AND ARG 108 ARE PARTIALLY DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

SO4

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要素

#1: 抗体 IGA-KAPPA MCPC603 FV (LIGHT CHAIN)


分子量: 12341.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 208622
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mammonium sulfate11
20.1 Macetate11

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 11262 / Num. measured all: 96963 / Rmerge(I) obs: 0.086

-
解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.149 / 最高解像度: 2 Å
詳細: RESIDUES LYS 103 AND ARG 108 ARE PARTIALLY DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数866 0 9 121 996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.23
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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