PDB-2iiq: Crystal structure of Pasteurella multocida sialyltransferase in a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iiq

タイトル

Crystal structure of Pasteurella multocida sialyltransferase in an open conformation with CMP bound

要素

Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase

キーワード

TRANSFERASE / sialyltransferase / CMP / streak seeding / two Rossmann domains

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ni, L. / Fisher, A.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of multifunctional sialyltransferase from Pasteurella multocida.
著者: Ni, L. / Huang, S. / Yu, H. / Cao, H. / Sun, M. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2006年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iiq.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iiq.ent.gz	139.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iiq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iiq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2iiq_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	2iiq_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2iiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2iiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ii6C 2iibC 2ex0S 2ex1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s44-d 5o63-d 2ex0-2 2ex0-1 2c83-d 2n44-d 2ii6-d 4v2u-d 4e73-d 1m6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase

B: Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.528, 61.572, 119.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase 分子量: 46467.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア) 株: Pm70 / 遺伝子: Pm0188 / プラスミド: pET23a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15KI8, EC: 2.4.99.4
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25%, PEG 3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, 0.4% Triton X-100 streak seeded by apo crystals, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月29日
放射	モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→59.55 Å / Num. all: 39043 / Num. obs: 38951 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.16 % / B_iso Wilson estimate: 20.54 Å² / R_sym value: 0.1001 / Net I/σ(I): 5.35
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique all: 4884 / R_sym value: 0.2421 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
PROTEUM PLUS	PLUS	データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EX0

2ex0

解像度: 2.3→59.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 13.054 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25554	1705	5 %	RANDOM
R_work	0.20766	-	-	-
obs	0.21006	32366	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6331	0	42	569	6942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.958	8877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.612	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.37	25.285	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.779	15	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.027	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.506	1.5	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.814	2	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.24	3	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.982	4.5	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	137	-
R_work	0.217	2359	-
obs	-	2496	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5785	-0.1144	0.8456	0.3599	0.032	1.1832	0.0344	-0.1929	-0.0694	0.0365	-0.0277	0.0916	0.1031	-0.1572	-0.0067	-0.1047	-0.0114	0.0232	-0.1197	-0.0097	-0.1057	8.0856	-2.0709	16.2842
2	2.4221	0.8752	0.7468	1.8626	0.4397	2.0318	-0.0297	0.0264	-0.0518	-0.1355	0.0318	-0.0519	0.0288	0.0283	-0.0021	-0.0676	-0.0064	-0.0056	-0.1173	0.0137	-0.1091	15.332	2.7126	-14.0334
3	2.9734	-0.2063	0.6771	0.5537	0.1823	1.1805	0.0015	-0.2155	-0.0951	0.0951	-0.0404	0.1429	0.1073	-0.1725	0.0389	-0.081	-0.0155	0.0357	-0.1027	-0.0184	-0.0936	-12.9485	-5.8707	-43.1225
4	2.648	0.4624	0.6131	1.7007	0.3343	2.207	0.0035	-0.0058	-0.1515	-0.0976	-0.0011	-0.0466	0.0508	0.041	-0.0024	-0.0528	-0.0108	-0.0132	-0.1175	0.0211	-0.1051	-6.2024	-1.0968	-73.5633

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 235	1 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	250 - 412	226 - 388
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	25 - 235	1 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	250 - 412	226 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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