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万見
- PDB-2iic: Calcium bound structure of alpha-11 giardin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iic
タイトルCalcium bound structure of alpha-11 giardin
要素Alpha-11 giardin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium-protein complex / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / cytoskeleton organization / microtubule / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-11 giardin annexin domain / Alpha giardin / Annexin / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Giardia intestinalis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Luecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Apo and Calcium-bound Crystal Structures of Alpha-11 Giardin, an Unusual Annexin from Giardia lamblia
著者: Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Svard, S.G. / Luecke, H.
履歴
登録2006年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-11 giardin
B: Alpha-11 giardin
C: Alpha-11 giardin
D: Alpha-11 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,1728
ポリマ－141,0124
非ポリマー1604
水2,000111
1
A: Alpha-11 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2932
ポリマ－35,2531
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-11 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2932
ポリマ－35,2531
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-11 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2932
ポリマ－35,2531
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-11 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2932
ポリマ－35,2531
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.300, 45.285, 131.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alpha-11 giardin


分子量: 35252.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q4VPP2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 24% PEG 550 MME, 50mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 6.8 / 数: 112381 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.91 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30731 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.275099.410.0371.0363.6
4.976.2799.310.0681.0373.6
4.354.9799.510.071.2773.6
3.954.3599.510.0861.3743.7
3.673.9599.810.1121.2623.7
3.453.6799.610.1541.1273.7
3.283.4599.710.2031.0723.7
3.133.2899.910.2930.9963.7
3.013.1399.810.4130.9893.7
2.913.0199.410.4930.993.6
反射解像度: 2.91→50 Å / Num. obs: 30731 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.91→3.01 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Num. unique all: 3054 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å41.97 Å
Translation4 Å41.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→40 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 3012 10 %
Rwork0.264 --
obs-30080 99.6 %
溶媒の処理Bsol: 29.473 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.595 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9700 0 4 111 9815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.491
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4062
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2442.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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