PDB-2ii9: Anabaena sensory rhodopsin transducer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ii9

タイトル

Anabaena sensory rhodopsin transducer

要素

Sensory rhodopsin transducer protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / rhodopsin / transducer

機能・相同性

TM1070-like / Anabaena sensory rhodopsin transducer / TM1070-like superfamily / Anabaena sensory rhodopsin transducer / Hypothetical Protein Tm1070; Chain: A / Sandwich / Mainly Beta / Alr3166 protein

機能・相同性情報

生物種

Anabaena sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vogeley, L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the anabaena sensory rhodopsin transducer.
著者: Vogeley, L. / Trivedi, V.D. / Sineshchekov, O.A. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ii9.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ii9.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ii9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ii7C 2ii8C 2iiaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ii8-2 2ii8-1 3wj9-2 3wj9-1 2iia-1 2ii7-2 3swn-2 3cjh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sensory rhodopsin transducer protein

B: Sensory rhodopsin transducer protein

C: Sensory rhodopsin transducer protein

D: Sensory rhodopsin transducer protein

58.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.152, 78.842, 70.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.810, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	2 - 17	3 - 18
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	2 - 17	3 - 18
3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	2 - 17	3 - 18
4	1	LEU	LEU	PRO	PRO	D	D	2 - 17	3 - 18
5	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	33 - 101	34 - 102
6	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	33 - 101	34 - 102
7	2	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	33 - 101	34 - 102
8	2	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	33 - 101	34 - 102

#1: タンパク質	Sensory rhodopsin transducer protein 分子量: 14704.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / プラスミド: pKJ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8YSC3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 100 mM Na2HPO4, 100 mM citric acid, 35% (v/v) 2-propanol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1

検出器

検出器: CCD / 日付: 2004年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2→28 Å / Num. obs: 29903 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.759 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	2.3	0.357	2800	0.692	92.9
2.07-2.15	2.7	0.316	2909	0.677	97.3
2.15-2.25	3	0.28	2976	0.745	99.1
2.25-2.37	3.3	0.258	3008	0.715	99.9
2.37-2.52	3.4	0.213	3030	0.659	100
2.52-2.71	3.5	0.151	3016	0.669	100
2.71-2.99	3.5	0.101	2993	0.687	100
2.99-3.42	3.5	0.06	3055	0.749	100
3.42-4.3	3.6	0.044	3022	0.977	100
4.3-28	3.5	0.032	3094	0.947	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→28.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 4.683 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	2774	10 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.22	27875	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2908	0	0	201	3109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	1.954	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.363	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.286	23.768	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.542	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.32	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.386	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.357	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.436	1.5	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.286	2	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.073	3	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.09	4.5	1024

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 665 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.29	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	173	-
R_work	0.24	1564	-
obs	-	1737	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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