PDB-2ii8: Anabaena sensory rhodopsin transducer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ii8

タイトル

Anabaena sensory rhodopsin transducer

要素

Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / rhodopsin / transducer

機能・相同性

TM1070-like / Anabaena sensory rhodopsin transducer / TM1070-like superfamily / Anabaena sensory rhodopsin transducer / Hypothetical Protein Tm1070; Chain: A / Sandwich / Mainly Beta / Alr3166 protein

機能・相同性情報

生物種

Anabaena sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vogeley, L. / Sineshchekov, O.A. / Trivedi, V.D. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the anabaena sensory rhodopsin transducer.
著者: Vogeley, L. / Trivedi, V.D. / Sineshchekov, O.A. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ii8.cif.gz	172.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ii8.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ii8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ii8_validation.pdf.gz	499.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ii8_full_validation.pdf.gz	517 KB	表示
XML形式データ	2ii8_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	2ii8_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ii7C 2ii9C 2iiaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ii9-d 3wj9-2 2ii7-2 3wj9-1 1gxj-d 3swn-2 3cjh-1 6qbt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

B: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

C: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

D: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

E: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

F: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

G: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

H: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

118 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

B: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

F: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

H: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

D: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

E: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

G: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.799, 119.236, 120.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PRO	PRO	A	A	3 - 17	4 - 18
2	1	SER	SER	PRO	PRO	B	B	3 - 17	4 - 18
3	1	SER	SER	PRO	PRO	C	C	3 - 17	4 - 18
4	1	SER	SER	PRO	PRO	D	D	3 - 17	4 - 18
5	1	SER	SER	PRO	PRO	E	E	3 - 17	4 - 18
6	1	SER	SER	PRO	PRO	F	F	3 - 17	4 - 18
7	1	SER	SER	PRO	PRO	G	G	3 - 17	4 - 18
8	1	SER	SER	PRO	PRO	H	H	3 - 17	4 - 18
9	2	THR	THR	GLN	GLN	A	A	32 - 102	33 - 103
10	2	THR	THR	GLN	GLN	B	B	32 - 102	33 - 103
11	2	THR	THR	GLN	GLN	C	C	32 - 102	33 - 103
12	2	THR	THR	GLN	GLN	D	D	32 - 102	33 - 103
13	2	THR	THR	GLN	GLN	E	E	32 - 102	33 - 103
14	2	THR	THR	GLN	GLN	F	F	32 - 102	33 - 103
15	2	THR	THR	GLN	GLN	G	G	32 - 102	33 - 103
16	2	THR	THR	GLN	GLN	H	H	32 - 102	33 - 103

#1: タンパク質	Anabaena sensory rhodopsin transducer protein 分子量: 14704.335 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / プラスミド: pKJ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8YSC3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 100 mM sodium acetate, 10% (w/v) PEG 4000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2
検出器	検出器: CCD / 日付: 2005年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 62002

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→35.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 5.011 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	4286	7.1 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.231	60426	97.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5943	0	0	582	6525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.899	1.95	8392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.227	5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.05	23.846	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.668	15	886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.822	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.309	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.287	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.473	1.5	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.291	2	6293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.008	3	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.948	4.5	2099

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 673 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
5	E	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
6	F	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
7	G	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
8	H	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.54	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.37	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.38	0.5
5	E	TIGHT THERMAL	0.29	0.5
6	F	TIGHT THERMAL	0.48	0.5
7	G	TIGHT THERMAL	0.32	0.5
8	H	TIGHT THERMAL	0.39	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	294	-
R_work	0.247	3881	-
obs	-	4175	92.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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