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- PDB-2ihy: Structure of the Staphylococcus aureus putative ATPase subunit of... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ihy | ||||||
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Title | Structure of the Staphylococcus aureus putative ATPase subunit of an ATP-binding cassette (ABC) transporter | ||||||
![]() | ABC transporter, ATP-binding protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / ATPase / ABC cassette | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McGrath, T.E. / Yu, C.S. / Romanov, V. / Lam, R. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Mansoury, K. / Thambipillai, D. / Richards, D. / Guthrie, J. ...McGrath, T.E. / Yu, C.S. / Romanov, V. / Lam, R. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Mansoury, K. / Thambipillai, D. / Richards, D. / Guthrie, J. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Staphylococcus aureus putative ATPase subunit of an ATP-binding cassette (ABC) transporter Authors: McGrath, T.E. / Yu, C.S. / Romanov, V. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 94.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is the dimer formed in the asymmetric unit |
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Components
#1: Protein | Mass: 31545.682 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5HE50, UniProt: A0A0H2WZ98*PLUS, EC: 3.6.3.34 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794672 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 15.5 / Number: 308885 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.03 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 78488 / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 39887 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 35.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 7779 / % possible all: 97.4 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.845 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 0 - 259 / Label seq-ID: 19 - 278
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