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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ihf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of deletion mutant delta 228-252 R190A of the single-stranded DNA binding protein from Thermus aquaticus | ||||||
要素 | Single-stranded DNA-binding protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Single-stranded DNA binding protein (SSB) / Thermophile organism / Protein-DNA interaction (DNA結合タンパク質) / Protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, R. / Witte, G. / Urbanke, C. / Manstein, D.J. / Curth, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: 3D structure of Thermus aquaticus single-stranded DNA-binding protein gives insight into the functioning of SSB proteins. 著者: Fedorov, R. / Witte, G. / Urbanke, C. / Manstein, D.J. / Curth, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ihf.cif.gz | 59.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ihf.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ihf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is created by applying the operation (-x, y, 1/2 - z) with a shift: 0 0 0 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27575.049 Da / 分子数: 1 / 変異: delta(228-252), R190A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: ssb / プラスミド: pETTaqSSB delta 228-252 R190A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9KH06 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / pH: 6.2 詳細: 100 mM Imidazole, 35% 2-Ethoxyethanol, 220 mM Calcium acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K, pH 6.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.07 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH COUPLED ROTATIONAL MOTIONS OF TWO FLAT CRYSTALS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21376 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SE8 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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