PDB-2ihc: Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ihc

タイトル

Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1

要素

Transcription regulator protein BACH1

キーワード

TRANSCRIPTION / BACH1 / bric-a-brac domain / transcription factor / protein-protein interaction / cap'n'collar type of basic region leucine zipper factor family / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of HMOX1 expression and activity / ligand-modulated transcription factor activity / regulation of metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Regulation of BACH1 activity / Heme signaling / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Amos, A.L. / Turnbull, A.P. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Bullock, A. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the bric-a-brac (BTB) domain of human BACH1
著者: Amos, A.L. / Turnbull, A.P. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Bullock, A. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Knapp, S.

履歴

登録	2006年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ihc.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ihc.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ihc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/2ihc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r2bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e4u-3 4gml-2 3skw-2 2g9c-d 3tmg-3 4gml-3 2ees-d 3skt-2 2eeu-d 4ond-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (5) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (5)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription regulator protein BACH1

B: Transcription regulator protein BACH1

C: Transcription regulator protein BACH1

D: Transcription regulator protein BACH1

56.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Transcription regulator protein BACH1

B: Transcription regulator protein BACH1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcription regulator protein BACH1

D: Transcription regulator protein BACH1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.440, 53.664, 123.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-129- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	19 - 126	15 - 122
2	1	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	19 - 120	15 - 116
3	1	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	19 - 127	15 - 123
4	1	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	19 - 127	15 - 123
1	2	SER	SER	THR	THR	A	A	7 - 18	3 - 14
2	2	SER	SER	THR	THR	D	D	7 - 18	3 - 14
1	3	SER	SER	THR	THR	B	B	-1 - 18	1 - 14
2	3	MET	MET	THR	THR	C	C	0 - 18	2 - 14

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Transcription regulator protein BACH1 / BTB and CNC homolog 1 / HA2303 分子量: 14058.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACH1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O14867
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20 % PEG3350, 200 mM MgCl2, 0.1M Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 19702 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 %
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Molecular replacement search model = pdb entry 1R2B

1r2b

解像度: 2.44→33.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 23.58 / SU ML: 0.261 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	1010	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2467	-	-	-
all	0.24841	18692	-	-
obs	0.24841	18692	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.55 Å²	0 Å²	-3.41 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→33.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3382	0	0	33	3415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.933	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.098	3	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.944	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.393	23.835	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.665	15	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.506	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.193	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.57	1.5	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.137	1.5	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.932	2	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.471	3	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.133	4.5	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	572	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	572	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	572	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	572	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	71	tight positional	0.05	0.05
3	1	B	77	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	429	medium positional	0.41	0.5
1	2	B	429	medium positional	0.38	0.5
1	3	C	429	medium positional	0.36	0.5
1	4	D	429	medium positional	0.38	0.5
2	1	A	63	medium positional	0.19	0.5
3	1	B	84	medium positional	0.45	0.5
1	1	A	572	tight thermal	1.49	10
1	2	B	572	tight thermal	1.24	10
1	3	C	572	tight thermal	2.5	10
1	4	D	572	tight thermal	1.04	10
2	1	A	71	tight thermal	1.03	10
3	1	B	77	tight thermal	0.49	10
1	1	A	429	medium thermal	1.08	2
1	2	B	429	medium thermal	0.89	2
1	3	C	429	medium thermal	1.42	2
1	4	D	429	medium thermal	0.73	2
2	1	A	63	medium thermal	0.95	2
3	1	B	84	medium thermal	0.62	2

LS精密化シェル

解像度: 2.437→2.5 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	61	-
R_work	0.305	1310	-
obs	-	-	92.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4152	-0.9747	1.5602	6.4741	-1.0054	3.8442	-0.5057	-0.3373	0.7208	0.2663	0.1549	0.3306	-0.5711	-0.2462	0.3508	-0.3817	-0.0466	0.034	-0.2953	0.0171	-0.0699	12.9817	10.7482	49.1885
2	3.557	-0.9564	-1.5693	3.7539	-0.1515	7.8671	0.0866	-0.1423	-0.2205	0.141	-0.0824	-0.3903	0.6222	0.2931	-0.0042	-0.3269	0.0294	-0.0068	-0.2895	-0.0132	-0.0589	24.8445	1.9035	47.9482
3	5.2387	-1.8871	-0.5431	2.5908	0.6006	5.1453	0.1388	-0.169	0.1051	0.3059	-0.0042	-0.6119	0.3145	0.5259	-0.1347	-0.2696	0.045	-0.0467	-0.2605	-0.0161	-0.0076	27.7578	3.8037	44.584
4	4.2339	0.8335	-0.1675	8.4236	-1.9613	4.4137	0.2298	0.5347	0.1835	-0.6711	-0.2938	-0.7899	-0.1121	0.3564	0.064	-0.1458	0.0575	0.092	-0.2138	-0.0083	-0.0632	26.5163	14.0793	33.3565
5	3.6689	3.2782	-2.3581	7.0698	-0.5987	5.2518	-0.0019	0.1263	-0.5305	-0.8008	0.1251	0.1292	0.6382	-0.1008	-0.1232	-0.2446	-0.0833	-0.0807	-0.2835	0.0006	0.0738	9.9083	-0.8702	40.4122
6	10.0047	-0.3991	2.6981	4.9603	1.0701	7.0064	0.2875	-1.5276	-0.7359	0.665	0.0884	0.1611	0.6874	-1.1221	-0.3759	-0.1194	-0.2199	0.028	0.0512	0.1953	0.0041	1.8381	-2.2358	55.1852
7	10.2499	-0.7791	3.1415	0.0707	-0.0265	4.8994	-0.3989	-0.8512	0.3929	0.0129	0.132	0.2199	-0.355	-1.0508	0.2669	-0.2028	-0.097	0.0035	-0.0051	0.0312	0.1554	-6.3327	5.4368	44.8292
8	15.3038	9.8066	-10.5274	7.0775	-6.6089	11.3463	-1.1499	1.8289	-1.2297	-1.4755	0.56	-1.2391	0.9865	-0.4492	0.5899	0.0554	0.0097	0.1198	0.1912	-0.2416	-0.2392	23.2604	24.7988	15.7684
9	13.9273	4.2686	3.7965	8.5153	4.4716	14.2159	-1.039	2.1091	0.8541	-2.0582	0.5523	0.6487	-2.1231	-0.0818	0.4866	0.5432	-0.2298	-0.0312	0.3327	0.4893	-0.4	22.2791	42.2438	11.6416
10	6.6915	3.7168	3.5956	12.2839	2.2631	7.2657	-0.338	0.2909	0.7548	-0.1853	0.0864	-0.2816	-0.8048	-0.0749	0.2516	-0.1224	0.0757	0.0067	-0.1593	0.0842	-0.0939	27.4496	41.0491	26.5311
11	28.5667	-3.1273	14.6042	6.511	-0.2712	10.9758	-0.0577	0.5599	0.9592	-0.6281	-0.042	0.5646	-0.2493	-1.3445	0.0997	-0.1486	0.0946	-0.064	0.1049	0.0313	-0.301	10.6215	30.3841	18.8275
12	7.827	3.3829	-2.5449	5.9589	-2.0972	6.1052	-0.6868	2.1024	-1.2829	-1.1447	0.5548	-0.0241	0.9231	-1.2678	0.132	0.1123	-0.1348	-0.0415	0.4986	-0.4269	-0.0432	8.8724	15.0196	14.5947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 33	11 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 61	30 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	62 - 66	58 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	70 - 92	66 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	93 - 126	89 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	-1 - 14	1 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	15 - 33	11 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	34 - 66	30 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	70 - 85	66 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	86 - 120	82 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	7 - 14	3 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	15 - 33	11 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	34 - 64	30 - 60
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	70 - 83	66 - 79
15	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	84 - 127	80 - 123
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	7 - 14	3 - 10
17	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	15 - 33	11 - 29
18	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	34 - 64	30 - 60
19	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	71 - 127	67 - 123
20	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	0 - 14	2 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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