PDB-2ig8: Crystal structure of a Protein of Unknown Function PA3499 from Ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ig8

タイトル

Crystal structure of a Protein of Unknown Function PA3499 from Pseudomonas aeruginosa

要素

Hypothetical protein PA3499

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein PA3499 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a hypothetical protein PA3499 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ig8.cif.gz	100 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ig8.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ig8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2amt-1 2fb6-2 1h47-2 5d9m-2 1h47-1 3q8h-d 4ozu-d 3ayr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5914

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein PA3499

B: Hypothetical protein PA3499

C: Hypothetical protein PA3499

45.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.191, 100.191, 131.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-268- HOH
2	1	B-149- HOH
3	1	B-160- HOH
4	1	B-174- HOH
5	1	B-255- HOH

詳細

This protein exists as trimer. The deposited molecules A, B and C represent the trimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Hypothetical protein PA3499 分子量: 15280.443 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3499 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HYB0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein PA3499

分子量: 15280.443 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3499 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HYB0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 3.5M Sodium formate, 4% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50367 / % possible obs: 99.39 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3868 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.163 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.104
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19898	2699	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17768	-	-	-
all	0.17878	50676	-	-
obs	0.17878	50367	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.032 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3186	0	0	476	3662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.963	4401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3	5160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.361	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.037	23.603	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.402	15	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.372	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.942	1.5	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.177	1.5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.083	2	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.274	3	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.24	4.5	1054

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	200	-
R_work	0.242	3494	-
obs	-	3494	95.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.517 Å / Origin y: 0.882 Å / Origin z: 0.096 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1514 Å²	-0.0168 Å²	-0.0077 Å²	-	0.2897 Å²	-0.0072 Å²	-	-	-0.1084 Å²
L	1.0356 °²	-0.2399 °²	-0.3884 °²	-	0.4082 °²	0.1412 °²	-	-	1.9165 °²
S	-0.0033 Å °	-0.3324 Å °	0.0036 Å °	0.0019 Å °	0.0745 Å °	-0.0567 Å °	-0.0243 Å °	0.7555 Å °	-0.0712 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 50	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 142	101 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 50	1 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 100	51 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 143	101 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	1 - 50	1 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	51 - 100	51 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	101 - 142	101 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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