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- PDB-2ifc: The Structure of the Binary Complex of Oxalateacetate with Citrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ifc
タイトルThe Structure of the Binary Complex of Oxalateacetate with Citrate Synthase from the Thermophilic Archaeon Thermolasma acidophilum
要素Citrate Synthase
キーワードTRANSFERASE / Citrate synthase / Oxaloacetate / EC 2.3.3.1
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate (Si)-synthase activity / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase ...2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALOACETATE ION / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lehmann, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: To be anounced
著者: Lehmann, C. / Kurz, C. / Ellenberger, E.
履歴
登録2006年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate Synthase
B: Citrate Synthase
C: Citrate Synthase
D: Citrate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0338
ポリマ－172,5094
非ポリマー5244
水40,1372228
1
A: Citrate Synthase
C: Citrate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5174
ポリマ－86,2552
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Citrate Synthase
D: Citrate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5174
ポリマ－86,2552
非ポリマー2622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.526, 97.447, 106.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The Biological Assembly is a dimer. There are two Dimer in the AU.

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要素

#1: タンパク質
Citrate Synthase / E.C.2.3.3.1


分子量: 43127.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: gltA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21553, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物
ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17 % PEG 4000, 100mM Hepes 8.5, 200mM Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日 / 詳細: Double crystal
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.38 Å / Num. all: 170739 / Num. obs: 170738 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.19 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10 / Scaling rejects: 21558
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.03 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured all: 100678 / Num. unique all: 16592 / Χ2: 1 / % possible all: 94.5

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct98.5 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
CNS精密化
d*TREK9.6LDzデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O7X_A

解像度: 1.7→41.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.457 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 8560 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 170707 96.77 %-
all-170707 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.348 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11958 0 36 2228 14222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02212327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.96216667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56251530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61823.971549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.959152167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8641575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.27358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.28731
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.21763
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1081.57866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.563212219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61935208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9214.54448
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 597 -
Rwork0.272 11672 -
obs-12269 94.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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