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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2if4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a multi-domain immunophilin from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | ATFKBP42 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / FKBP-like / alpha-beta / TPR-like / alpha | ||||||
機能・相同性 | ![]() leaf development / auxin-activated signaling pathway / vacuolar membrane / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Granzin, J. / Eckhoff, A. / Weiergraeber, O.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Multi-domain Immunophilin from Arabidopsis thaliana: A Paradigm for Regulation of Plant ABC Transporters. 著者: Granzin, J. / Eckhoff, A. / Weiergraber, O.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38364.395 Da / 分子数: 1 / 断片: FKBP-type domain and TPR domain, residues 1-339 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Ecotype Columbia / 遺伝子: FKBP42, TWD1, UCU2 / プラスミド: PET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 2.3 M ammonium sulfate, 2% (v/v) PEG 400, 0.1 M Hepes, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月20日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Diamond, Germanium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→20 Å / Num. all: 9813 / Num. obs: 9813 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 88.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 694 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 63.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.513 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
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拘束条件 |
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