PDB-2idl: Crystal Structure of Conserved Protein of Unknown Function from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2idl

タイトル

Crystal Structure of Conserved Protein of Unknown Function from Streptococcus pneumoniae

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical / MCSG / PSI2 / MAD / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / ribosome biogenesis / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Nocek, B. / Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved hypothetical protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Nocek, B. / Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2idl.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2idl.ent.gz	51.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2idl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2idl_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2idl_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	2idl_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	2idl_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ddi-2 2g0j-2 6db0-2 4a9m-2 4a9o-2 4a9e-2 4a9h-2 2wrt-2 6jke-1 4wr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc80417

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

ヘテロ分子

26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.665, 62.359, 63.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1043- HOH
2	1	B-202- HOH

詳細

Based on the content of the asymmetric unit, dimer appears to be biologically relevant oligomerization state

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 13100.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q97QU3, UniProt: A0A0H2UPY9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 詳細: 1.2M NaH2PO4 /0.8M K2HPO4 Caps 10.5 0.2M Li2So2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794,0.9795

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月12日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 22271 / Num. obs: 20526 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.437 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22637	1048	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16758	-	-	-
all	0.171	20460	-	-
obs	0.171	19397	92.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.87 Å²	0 Å²	0.91 Å²
2-	-	-1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1799	0	7	178	1984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.963	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.249	3	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.515	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.932	25.281	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.772	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.498	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.22	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	997
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.102	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.663	1.5	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.161	1.5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.196	2	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.852	3	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.897	4.5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	35	-
R_work	0.207	764	-
obs	-	-	49.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.36	7.2765	2.6267	9.7876	3.3881	3.0609	0.0402	-0.4399	0.054	0.5745	-0.0832	0.1205	0.0543	-0.3534	0.043	0.049	0.014	0.0147	0.1243	0.0498	-0.0672	-1.2278	8.8539	26.5675
2	5.0369	9.4389	1.0865	42.0624	-0.0916	3.2788	-0.0778	-0.1629	-0.0017	-0.0935	0.0757	1.4966	-0.056	-0.3808	0.002	-0.0042	-0.0157	0.0325	0.1014	0.0343	0.0553	-7.6709	3.6285	20.0301
3	16.4725	13.8582	9.2378	12.3394	6.5007	7.5547	-0.343	0.3946	0.0674	0.1673	0.2776	-0.0929	-0.2417	-0.1523	0.0654	0.066	0.0312	-0.0497	0.039	0.0348	-0.0041	4.1045	17.3725	24.4196
4	22.5254	-24.7927	-4.1483	38.1918	-12.4525	27.3263	-0.1915	-1.2983	1.5283	0.2015	1.2407	-2.357	0.3349	0.7943	-1.0492	0.196	-0.1272	-0.0394	0.3522	-0.0773	0.4969	18.7469	22.4354	25.3257
5	16.3342	6.5148	6.6986	3.4298	4.9231	10.9693	0.0378	-0.1761	-0.122	0.4132	-0.0261	0.2675	-0.0174	0.2983	-0.0116	0.0745	-0.0275	-0.0108	0.0552	-0.0064	-0.0297	14.7353	15.2578	23.205
6	5.6838	0.5349	3.6348	0.645	1.6131	5.0411	0.0179	0.0558	0.0585	0.0566	0.114	0.0832	-0.2192	0.0834	-0.1319	0.054	-0.0104	0.0172	0.045	0	0.0513	6.0589	10.9455	13.6987
7	16.4751	-2.6571	0.5873	4.7598	2.6758	1.7931	0.1855	0.2241	-0.0811	-0.0474	-0.1807	0.0537	0.1484	-0.1735	-0.0047	0.0398	0.0152	-0.0043	0.0527	-0.0016	0.0286	0.6433	7.3871	5.6883
8	2.9857	-1.2384	0.912	11.2351	10.3512	11.016	0.1135	0.1505	0.2226	-0.3131	-0.1048	-0.1072	-0.3505	0.2151	-0.0087	0.0603	-0.0012	-0.0141	0.0558	0.0304	0.0596	-5.0195	14.0338	10.9026
9	19.6836	6.9073	11.9923	13.8547	4.305	19.4265	-0.6224	0.0045	0.6931	0.7109	0.0084	-0.1653	-1.0159	0.2633	0.6139	0.1459	0.038	-0.1299	-0.0182	0.06	0.0536	1.7396	24.5678	20.7075
10	9.2818	8.9194	8.9778	15.0097	11.9448	10.3931	-0.1263	-0.0558	0.2684	0.4581	-0.0382	0.3731	0.0379	-0.2471	0.1645	0.0791	0.0047	-0.0173	0.0399	0.0285	-0.0076	-2.443	15.9027	19.7235
11	10.3383	10.7373	5.0401	14.2103	2.0682	5.7354	-0.3618	0.142	0.2703	-0.2652	-0.0905	0.612	0.2389	-1.2107	0.4523	-0.0053	-0.0847	-0.0133	0.2508	-0.0627	-0.0146	-10.8994	4.2622	8.4439
12	13.2199	3.7827	2.0281	4.2833	-9.2479	30.4877	-0.3037	-0.1773	-0.1454	-0.1643	0.1233	-0.0045	0.8205	-1.3889	0.1804	0.0381	-0.0677	0.0196	0.0909	-0.0311	0.0294	-5.3326	0.7744	11.6605
13	2.8966	0.6786	2.9725	2.3579	-0.3296	3.5292	-0.0827	-0.0402	-0.0859	0.0901	0.0648	0.0256	0.155	-0.0424	0.0179	0.0496	0.0065	0.0139	0.0725	0.0082	0.0196	4.4163	3.2296	19.9734
14	14.8019	7.143	3.9677	43.0043	13.1319	13.4497	0.4111	0.0006	-0.2086	0.8426	0.0011	-1.3461	0.7058	0.587	-0.4121	0.1002	0.0742	-0.1344	0.0648	0.016	-0.1129	13.6342	8.2082	30.9618
15	58.3068	11.2405	2.3927	2.2994	1.1036	3.2126	-0.1484	-0.7998	-0.0761	0.3398	-0.1006	0.0359	0.2615	0.0703	0.249	0.049	0.0273	-0.0008	0.0786	0.0401	-0.0359	-0.1187	7.5848	30.0952
16	3.0019	0.3473	0.6105	0.1174	-0.8301	10.6308	-0.0139	-0.0936	-0.2954	0.1471	-0.0926	-0.1637	-0.1188	0.1823	0.1065	0.0218	-0.0199	0.0009	0.0125	-0.0128	0.0984	27.881	11.0593	6.2495
17	5.3073	4.9526	0.8601	4.6622	1.0647	2.2	-0.2674	0.2928	-0.0282	-0.295	0.1246	-0.2343	-0.0896	0.1108	0.1428	0.067	-0.022	0.0206	0.0626	-0.0001	0.0111	17.8016	-0.7544	1.343
18	7.4809	7.8452	7.0914	8.3659	6.7501	10.1202	-0.2641	0.0088	-0.1511	-0.4274	0.1137	0.0251	-0.3102	0.2823	0.1505	0.0752	-0.0143	0.002	0.0473	-0.0179	0.0138	12.6182	-6.7217	-0.7325
19	9.3331	10.1313	6.4471	12.1262	7.1601	6.6708	0.0151	0.1209	-0.1039	-0.0385	-0.1328	-0.3583	-0.0655	-0.0373	0.1177	0.0411	-0.0018	-0.0147	0.0001	0.0321	0.1078	23.3648	1.3671	8.5817
20	30.4913	13.0405	-9.3775	74.7645	11.2891	6.2673	2.179	-2.2735	1.4253	3.5496	-1.3625	0.2692	0.5544	-0.3372	-0.8165	0.3972	-0.0308	-0.105	0.0947	-0.0845	0.0791	26.3503	11.8833	18.5426
21	13.2747	2.4662	-6.4198	16.8947	3.1961	9.0759	0.6642	-0.4034	0.8251	0.3725	-0.0559	-0.1974	-0.4409	0.3743	-0.6083	0.05	-0.0679	0.0146	0.0592	-0.0231	0.0474	23.4129	17.8462	16.7554
22	3.1373	3.6735	-1.0862	5.4225	-0.7007	0.667	0.044	-0.1265	-0.0924	0.1422	-0.1088	0.0004	-0.01	0.0618	0.0648	0.0398	-0.0121	-0.0016	0.0618	0.0136	0.0524	12.8598	-0.0383	16.7073
23	20.7745	2.818	-0.5424	2.6841	-1.17	0.7509	-0.0925	-0.293	-0.3424	0.3988	-0.0817	-0.0701	-0.0451	0.0356	0.1742	0.0538	-0.0227	-0.0111	0.0266	0.0237	0.0729	16.4906	-10.1413	14.3346
24	22.6449	23.0603	14.9112	73.2069	29.2009	23.249	-0.6394	0.5803	0.8355	1.0884	0.5257	-1.5493	-0.5992	0.4802	0.1137	0.183	-0.0861	-0.2305	-0.0653	0.1121	0.136	28.7268	-1.0608	16.826
25	19.399	6.8132	10.3073	13.5014	7.6183	8.6619	0.1298	0.1199	-0.2098	0.2595	-0.0115	-0.3138	0.1523	-0.2938	-0.1183	0.0324	-0.036	-0.039	-0.0119	0.0385	0.0683	25.7724	-1.1407	12.0163
26	5.3206	7.698	4.3829	14.7057	6.4697	3.6151	-0.0204	0.1538	-0.3747	-0.1768	0.136	-0.4339	-0.0633	0.1886	-0.1155	0.0327	-0.0055	0.0059	0.0461	-0.0003	0.097	16.1933	-11.8731	6.7356
27	2.4695	-1.1141	-0.5431	0.5026	0.245	0.1194	-0.0178	-0.119	-0.0625	-0.0475	0.0433	-0.0573	-0.0353	-0.0106	-0.0255	0.0456	-0.0234	0.0069	0.0626	-0.008	0.0831	6.0876	-13.4407	7.8246
28	5.8502	2.1065	-2.7999	8.4249	-4.8907	10.7529	0.0688	0.0978	-0.0267	0.0572	0.0765	0.1544	-0.0046	-0.1001	-0.1452	0.0208	-0.0011	0.0003	0.026	-0.0061	0.0769	6.2963	-5.9881	6.6386
29	2.2699	1.7616	0.1848	4.4061	-0.7966	0.3058	-0.0146	0.0543	0.0545	0.0038	0.0111	0.0603	0.0183	0.02	0.0035	0.0526	-0.0081	0.0107	0.0625	0.0055	0.042	11.918	5.1988	7.0311
30	1.6865	1.7815	0.3146	2.4457	0.004	0.7518	-0.0397	0.0239	0.1065	-0.045	0.0022	-0.1662	0.0853	-0.097	0.0375	0.0556	-0.0218	0.0172	0.0486	0.0033	0.038	20.3734	9.9571	3.6068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 10	3 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	11 - 17	14 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	18 - 23	21 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	24 - 29	27 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	30 - 37	33 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	38 - 46	41 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	47 - 53	50 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	54 - 58	57 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	59 - 64	62 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	65 - 72	68 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	73 - 80	76 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	81 - 85	84 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	86 - 98	89 - 101
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	99 - 105	102 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	106 - 112	109 - 115
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	-2 - 3	1 - 6
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	4 - 9	7 - 12
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	10 - 15	13 - 18
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	16 - 21	19 - 24
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	22 - 27	25 - 30
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	28 - 33	31 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	34 - 53	37 - 56
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	54 - 58	57 - 61
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	59 - 64	62 - 67
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	65 - 69	68 - 72
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	70 - 75	73 - 78
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	76 - 81	79 - 84
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	82 - 85	85 - 88
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	86 - 99	89 - 102
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	100 - 113	103 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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