PDB-2icz: NMR Structures of the Expanded DNA 10bp xTGxTAxCxGCxAxGT:xACTxGCG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2icz

タイトル

NMR Structures of the Expanded DNA 10bp xTGxTAxCxGCxAxGT:xACTxGCGxTAxCA

要素

5'-D(*(XAE)P*CP*TP*(XGA)P*CP*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*A)-3'
5'-D(*(XTY)P*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*(XGA)P*CP*(XAE)P*(XGA)P*T)-3'

キーワード

DNA / Expanded DNA / xDNA

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics cartesian dynamics

データ登録者

Lynch, S.R.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Toward a Designed, Functioning Genetic System with Expanded-Size Base Pairs: Solution Structure of the Eight-Base xDNA Double Helix.
著者: Lynch, S.R. / Liu, H. / Gao, J. / Kool, E.T.

履歴

登録	2006年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2022年3月9日	Group: Atomic model / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2icz.cif.gz	277.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2icz.ent.gz	232.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2icz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2icz_validation.pdf.gz	323.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2icz_full_validation.pdf.gz	522.8 KB	表示
XML形式データ	2icz_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	2icz_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2icz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2icz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a4s-d 5ip8-d 4ymc-1 4a4t-d 3eil-2 4re7-1 476d-d 5lj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*(XTY)P*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*(XGA)P*CP*(XAE)P*(XGA)P*T)-3'

B: 5'-D(*(XAE)P*CP*TP*(XGA)P*CP*GP*(XTY)P*AP*(XCS)P*A)-3'

6.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: DNA鎖	5'-D((XTY)PGP(XTY)PAP(XCS)P(XGA)PCP(XAE)P(XGA)PT)-3' 分子量: 3374.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	5'-D((XAE)PCPTP(XGA)PCPGP(XTY)PAP(XCS)PA)-3' 分子量: 3243.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.0 mM DNA, 20 mM Na phosphate; 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O 100% D2O
2	1.0 mM DNA, 20 mM Na phosphate; 100% D2O

試料状態

イオン強度: 20 mM NaP / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger A. T. etall	構造決定
VNMR	6.1C		collection
Sparky	3.106	Goddard, T. D., Huang, C. C., Ferrin, T. E.	データ解析
CNS	1.1	Brunger A. T. etall	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 635 NOE, 25 Hydrogen Bonds, 180 torsion angle restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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