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- PDB-2icr: Red fluorescent protein zRFP574 from Zoanthus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2icr
タイトルRed fluorescent protein zRFP574 from Zoanthus sp.
要素Red fluorescent protein zoanRFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / red fluorescent protein / ZRFP574 / Zoanthus sp. / chromophore structure / CYS-PHE link
機能・相同性
機能・相同性情報


Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red fluorescent protein zoanRFP / GFP-like fluorescent chromoprotein FP506
類似検索 - 構成要素
生物種Zoanthus sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Pletnev, S. / Pletneva, N. / Tikhonova, T. / Pletnev, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Refined crystal structures of red and green fluorescent proteins from the button polyp Zoanthus.
著者: Pletneva, N. / Pletnev, V. / Tikhonova, T. / Pakhomov, A.A. / Popov, V. / Martynov, V.I. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 3.02026年3月18日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein zoanRFP
B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5648
ポリマ－109,1804
非ポリマー3844
水7,692427
1
A: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子

A: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5648
ポリマ－109,1804
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
2
B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子

B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5648
ポリマ－109,1804
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)115.190, 146.738, 122.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-271-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein zoanRFP


分子量: 27294.938 Da / 分子数: 4 / 変異: K5A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoanthus sp. (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T4U4, UniProt: Q9U6Y5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.2 M K/Na TARTRATE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→30 Å / Num. obs: 162291 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→30 Å / Num. parameters: 71513 / Num. restraintsaints: 92531 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1612 1.01 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs-162291 99.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 33 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7747.37
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7410 0 20 427 7857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0086
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.081

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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