+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ibo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray Crystal Structure of Protein SP2199 from Streptococcus pneumoniae. Northeast Structural Genomics Consortium Target SpR31 | ||||||
要素 | Hypothetical protein SP2199 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Thiamine-binding protein / Thiamine-binding protein / Alpha-Beta Plaits - #930 / MTH1187/YkoF-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Thiamine_BP domain-containing protein / Thiamine_BP domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein SP2199 from Streptococcus pneumoniae, Northeast structural genomics target SpR31 著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ibo.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ibo.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ibo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ibo_validation.pdf.gz | 456.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2ibo_full_validation.pdf.gz | 478.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ibo_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ibo_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11938.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) 生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: TIGR4, ATCC BAA-334 / 遺伝子: SP_2199 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q97N67, UniProt: A0A0H2USK2*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES, 18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915, 0.97942, 0.96783 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 31269 / Num. obs: 30208 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / Num. unique all: 3482 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 65805.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.4838 Å2 / ksol: 0.355786 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.34 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|