PDB-2i9p: Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i9p

タイトル

Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexed with NAD+

要素

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-hydroxyacid dehydrogenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / L-valine catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / NAD binding / NADP binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Kavanagh, K.L. / Papagrigoriou, E. / Salah, E. / Lukacik, P. / Smee, C. / Burgess, N. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexed with NAD+
著者: Kavanagh, K.L. / Papagrigoriou, E. / Salah, E. / Lukacik, P. / Smee, C. / Burgess, N. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Oppermann, U.

履歴

登録	2006年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i9p.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i9p.ent.gz	176.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/2i9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/2i9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gf2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gf2-d 3q3c-1 3obb-1 3pef-2 5z2e-1 3pef-1 3pdu-2 5z2d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.627, 167.319, 71.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLN	GLN	2	A	A	40 - 206	23 - 189
2	1	MET	MET	GLN	GLN	2	B	B	40 - 206	23 - 189
3	1	MET	MET	GLN	GLN	2	C	C	40 - 206	23 - 189
4	1	MET	MET	GLN	GLN	2	D	D	40 - 206	23 - 189
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	5	A	A	207 - 332	190 - 315
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	5	B	B	207 - 332	190 - 315
3	2	ALA	ALA	GLU	GLU	5	C	C	207 - 332	190 - 315
4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	5	D	D	207 - 332	190 - 315

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological unit is a tetramer equivalent to the asymmetric unit

#1: タンパク質	3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / HIBADH 分子量: 33866.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIBADH / プラスミド: PNIC-BSA4 (pET derivative) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31937, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM

#1: タンパク質

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / HIBADH

分子量: 33866.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIBADH / プラスミド: PNIC-BSA4 (pET derivative) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31937, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

#2: 化合物

ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→62.75 Å / Num. all: 34330 / Num. obs: 34330 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 50 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GF2

2gf2

解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 26.829 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21983	1728	5 %	RANDOM
R_work	0.17376	-	-	-
all	0.17616	32570	-	-
obs	0.17616	32570	95.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.461 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4 Å²	0 Å²	-1.49 Å²
2-	-	4.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8375	0	176	0	8551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	2.002	11835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	13817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.662	5	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.421	25.423	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.432	15	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.142	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.106	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.144	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.391	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.714	3	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.498	3	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.652	5	9183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.314	7	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.09	11	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	972	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	972	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	972	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	972	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	811	medium positional	0.37	0.5
1	2	B	811	medium positional	0.27	0.5
1	3	C	811	medium positional	0.27	0.5
1	4	D	811	medium positional	0.28	0.5
2	1	A	737	medium positional	0.16	0.5
2	2	B	737	medium positional	0.15	0.5
2	3	C	737	medium positional	0.17	0.5
2	4	D	737	medium positional	0.13	0.5
2	1	A	809	loose positional	0.37	5
2	2	B	809	loose positional	0.39	5
2	3	C	809	loose positional	0.56	5
2	4	D	809	loose positional	0.42	5
1	1	A	972	tight thermal	0.06	0.5
1	2	B	972	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	972	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	972	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	811	medium thermal	0.67	2
1	2	B	811	medium thermal	0.63	2
1	3	C	811	medium thermal	0.6	2
1	4	D	811	medium thermal	0.66	2
2	1	A	737	medium thermal	0.91	2
2	2	B	737	medium thermal	0.87	2
2	3	C	737	medium thermal	0.98	2
2	4	D	737	medium thermal	0.83	2
2	1	A	809	loose thermal	2.94	10
2	2	B	809	loose thermal	3.24	10
2	3	C	809	loose thermal	2.72	10
2	4	D	809	loose thermal	2.76	10

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	123	-
R_work	0.289	2226	-
obs	-	-	87.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6985	-0.6274	0.2275	5.946	-1.0716	7.3309	-0.2728	-1.3578	-0.4411	1.4948	0.0005	0.1126	0.979	0.1646	0.2724	0.562	-0.0973	0.148	0.18	0.2017	-0.0994	-3.107	25.056	86.252
2	1.9537	-0.223	-0.6824	5.3553	1.1789	2.8272	0.1164	-0.7136	0.1957	0.4964	-0.1226	-0.1641	-0.2121	0.3508	0.0062	-0.2705	-0.0973	-0.0275	-0.0954	-0.1322	-0.2498	0.698	49.314	70.532
3	6.6285	-4.0586	-0.9848	6.0814	0.3598	4.1339	0.2332	0.2857	0.5352	0.0212	-0.3779	0.4419	-1.3742	-0.7371	0.1446	0.6094	0.2201	0.1688	-0.1928	-0.3703	0.4183	-16.138	81.155	61.863
4	2.1044	-0.0078	-0.7195	3.4032	-0.0142	3.4888	0.1705	-0.2884	0.0654	0.0176	-0.4806	0.6859	-0.2543	-0.6753	0.3101	-0.2511	0.0379	0.0107	-0.0967	-0.2967	-0.0577	-15.431	51.459	63.565
5	6.8101	1.2823	-1.6388	4.2727	-0.3886	6.2811	0.3033	0.3125	0.6713	-1.0491	-0.1507	-0.6684	-1.8977	0.8352	-0.1526	1.0993	-0.0734	0.4121	-0.1901	0.3447	0.2313	11.96	68.777	30.054
6	2.5941	-0.5484	-0.7954	4.2503	0.8664	4.5602	0.1739	0.0486	0.067	-0.3453	-0.1974	-0.4722	-0.353	0.9365	0.0235	-0.2704	0.0049	0.0177	-0.204	-0.0013	-0.2342	9.145	45.103	46.297
7	6.0913	2.064	-0.3472	8.8281	2.6327	6.3445	-0.2168	0.1356	-1.0124	-0.7127	-0.5208	0.4492	1.6977	-0.368	0.7376	0.5805	0.1477	0.0261	-0.4218	-0.1384	0.2018	-4.562	11.33	43.93
8	2.3814	-0.226	-0.4294	3.7248	-0.6219	4.8691	0.1216	0.356	-0.0957	-0.6672	-0.2728	0.4313	-0.0085	-0.5681	0.1512	-0.2385	0.1443	-0.1153	-0.2819	-0.1327	-0.2126	-6.823	39.907	42.273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	40 - 206	23 - 189
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	207 - 332	190 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	40 - 206	23 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	207 - 335	190 - 318
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	40 - 206	23 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	207 - 332	190 - 315
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	40 - 206	23 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	207 - 332	190 - 315

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