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- PDB-2i9d: chloramphenicol acetyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9d
タイトルchloramphenicol acetyltransferase
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / chloramphenicol acetyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Duke, N.E.C. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: chloramphenicol acetyltransferase
著者: Duke, N.E.C. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5993
ポリマ－75,5993
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.144, 116.144, 130.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Chloramphenicol acetyltransferase


分子量: 25199.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8A336
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% v/v tacsimate 0.10 M bis-tris propane, pH 7.0 (Hampton Research SaltRx, reagent number 96, i.e. H12) , pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792896, 0.9794257
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月22日
詳細: double crystal monochromator sagittally focussing mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97928961
20.97942571
Reflection冗長度: 14.7 % / Av σ(I) over netI: 11.9 / 数: 653688 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.96 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44553 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955010010.0564.73414.4
3.934.9510010.0532.89414.9
3.443.9310010.0592.14215.1
3.123.4410010.0771.73515.1
2.93.1210010.1161.48315.2
2.732.910010.1721.35915.2
2.592.7310010.2421.30915.2
2.482.5910010.3171.2915
2.382.4810010.4211.28214.5
2.32.3810010.5141.29812.2
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 44615 / Num. obs: 44581 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 2.467 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Num. unique all: 4406 / Χ2: 1.262 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.533 / FOM acentric: 0.535 / FOM centric: 0.45 / 反射: 44392 / Reflection acentric: 43235 / Reflection centric: 1157
Phasing MAD set

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Reflection centric: 1157

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentric
12.4110.40.20043235
20.830.658.910.30.870.9843213
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
113.92-502.211.20.60017930
18.08-13.921.4711.10.80078260
15.7-8.082.1210.90.400182596
14.4-5.71.4310.70.5003326128
13.58-4.41.3710.50.4005269161
13.02-3.582.0610.30.2007652194
12.61-3.026.7910.300010456226
12.3-2.6113.2710.200013746262
213.92-500.290.183.94.25.495.2517930
28.08-13.920.290.183.73.85.525.4778260
25.7-8.080.330.33.74.94.513.35182596
24.4-5.70.430.414.36.43.212.073326128
23.58-4.40.570.494.96.62.221.75269161
23.02-3.580.780.666.79.51.221.047652194
22.61-3.020.950.871013.40.590.5110449226
22.3-2.610.990.9713.116.50.330.2813731262
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se24.049960.4210.6630.0210
2Se25.226150.4840.716-0.0610
3Se31.520710.4430.419-0.1310
4Se23.435420.6670.941-0.1730
5Se36.308550.480.53-0.1740
6Se23.754750.2360.5170.0420
7Se28.412230.7061.009-0.2560
8Se20.921870.2210.5410.0590
9Se32.528470.5350.496-0.10
10Se37.942980.6811.043-0.1680
11Se48.240860.4160.587-0.0280
12Se133.142270.7450.934-0.0320
13Se23.826050.4210.6630.021-0.105
14Se25.913070.4840.716-0.061-0.097
15Se33.580130.4430.419-0.131-0.1
16Se20.237660.6670.941-0.173-0.096
17Se37.408990.480.53-0.174-0.093
18Se24.289480.2360.5170.042-0.089
19Se28.132220.7061.008-0.256-0.09
20Se19.036160.2210.5410.059-0.084
21Se31.063090.5350.496-0.099-0.099
22Se36.146810.6811.043-0.168-0.094
23Se46.281150.4160.586-0.028-0.097
24Se131.100570.7440.933-0.032-0.053
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
13.92-500.9370.9550.83320917930
8.08-13.920.9370.9470.80384278260
5.7-8.080.9250.9340.7491921182596
4.4-5.70.8770.8850.65434543326128
3.58-4.40.8090.8160.58854305269161
3.02-3.580.6650.6690.50278467652194
2.61-3.020.4330.4360.2981068210456226
2.3-2.610.2590.2610.1251400813746262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.419 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2264 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.19 44615 --
obs-44491 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.208 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4917 0 0 216 5133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.9456812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8575593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60623.321271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57715838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8761539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1311.53083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59324807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68632224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7644.52005
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 166 -
Rwork0.245 3012 -
obs-3178 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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