PDB-2i8c: Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i8c

タイトル

Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanine ligase revealed by crystallographic studies

要素

D-alanine-D-alanine ligase

キーワード

LYASE / d-alanine:d-alanine ligase / ADP complex / Staphylococcus aureus

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Liu, S. / Chang, J.S. / Herberg, J.T. / Horng, M. / Tomich, P.K. / Lin, A.H. / Marotti, K.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Allosteric inhibition of Staphylococcus aureus D-alanine:D-alanine ligase revealed by crystallographic studies.
著者: Liu, S. / Chang, J.S. / Herberg, J.T. / Horng, M.M. / Tomich, P.K. / Lin, A.H. / Marotti, K.R.

履歴

登録	2006年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i8c.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i8c.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i80C 2i87SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2i87-d 2i80-d 3r5f-1 3n8d-d 3k3p-d 3q1k-2 3ak3-d 5e3a-d 5mss-d 3t6b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine-D-alanine ligase

B: D-alanine-D-alanine ligase

ヘテロ分子

83.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.802, 66.972, 78.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-alanine-D-alanine ligase / D-alanylalanine synthetase / D-Ala-D-Ala ligase 分子量: 41348.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: COL / 遺伝子: ddl / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q5HEB7, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月10日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→79 Å / Num. all: 25017 / Num. obs: 23741 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 40 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1329 / R_sym value: 0.621 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0008 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2I87

2i87

解像度: 2.46→47.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 23.82 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic+TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.024 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26926	1254	5 %	RANDOM
R_work	0.20988	-	-	-
obs	0.21283	23741	97.18 %	-
all	-	25017	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.43 Å²	0 Å²	-1.44 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→47.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5496	0	65	0	5561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.978	7684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.981	3	9286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.761	5	688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.023	25.971	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.356	15	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.081	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.049	1.5	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.156	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.262	2	5558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.019	3	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3	4.5	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.461→2.525 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	78	-
R_work	0.283	1329	-
obs	-	-	75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7808	0.2724	-1.1879	1.327	-0.2377	5.7606	-0.1226	0.2375	-0.2388	-0.1696	-0.1002	-0.2294	0.4059	0.1284	0.2229	-0.1046	0.0077	0.0813	-0.1077	0.0285	-0.0408	26.0618	0.1384	-5.1667
2	3.5157	-0.793	1.556	3.7927	-1.7869	3.0962	0.1224	0.0544	-0.2991	-0.002	0.1666	0.0634	0.5358	-0.3884	-0.289	-0.0534	-0.1061	0.0012	-0.1045	-0.052	-0.1024	9.8604	-17.0895	21.1107
3	4.4132	2.1474	-1.032	2.393	-0.5962	2.3071	-0.0038	0.3594	0.0502	-0.0875	0.0048	0.1813	0.0007	-0.4556	-0.001	-0.1865	0.028	-0.0032	0.014	0.0235	-0.0222	5.8683	1.6629	3.2677
4	5.4258	-0.1139	0.4286	1.5517	1.0388	5.159	-0.0993	0.5111	0.4058	-0.1618	-0.1086	-0.1511	-0.6578	0.8387	0.2079	-0.137	-0.0793	-0.0128	0.0406	0.1539	0.0098	42.5439	2.6099	17.4732
5	1.5515	-1.4914	0.6239	3.8327	-0.4549	4.245	-0.1479	-0.032	0.1087	-0.0112	0.1126	0.0325	-0.4705	-0.325	0.0353	-0.0474	0.0417	0.0001	-0.1404	-0.0728	-0.0831	10.9971	15.0435	26.7164
6	2.4116	-0.8824	-0.5849	2.3253	1.1119	3.567	-0.0024	-0.0219	-0.0648	0.2654	-0.1238	-0.1483	-0.007	0.093	0.1262	-0.0274	0.0132	-0.0255	-0.1511	0.0428	-0.0992	28.6281	-2.7546	33.331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 125	3 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	126 - 219	126 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	220 - 358	220 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	3 - 125	3 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	126 - 219	126 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	220 - 360	220 - 360

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)