PDB-2i8b: Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i8b

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30

要素

Minor nucleoprotein VP30

キーワード

VIRAL PROTEIN / VP30 Ebola virus protein / transcription / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / positive regulation of viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / single-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Muziol, T.M. / Hartlieb, B. / Becker, S. / Weissenhorn, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30 reveals a role in transcription and nucleocapsid association.
著者: Hartlieb, B. / Muziol, T. / Weissenhorn, W. / Becker, S.

履歴

登録	2006年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i8b.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i8b.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i8b_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i8b_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	2i8b_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	2i8b_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oxk-1 1oxk-3 3uc4-1 1oxk-5 1oxk-2 5vcy-d 3gql-3 4l60-d 6nvl-1 6nvl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Minor nucleoprotein VP30

B: Minor nucleoprotein VP30

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.370, 63.590, 80.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	GLN	GLN	A	A	142 - 157	22 - 37
2	1	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	142 - 157	22 - 37
3	2	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	163 - 181	43 - 61
4	2	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	163 - 181	43 - 61
5	3	SER	SER	ARG	ARG	A	A	182 - 195	62 - 75
6	3	SER	SER	ARG	ARG	B	B	182 - 195	62 - 75
7	4	GLN	GLN	SER	SER	A	A	203 - 216	83 - 96
8	4	GLN	GLN	SER	SER	B	B	203 - 216	83 - 96
9	5	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	219 - 248	99 - 128
10	5	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	219 - 248	99 - 128
11	6	SER	SER	ARG	ARG	A	A	254 - 262	134 - 142
12	6	SER	SER	ARG	ARG	B	B	254 - 262	134 - 142

#1: タンパク質	Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30 分子量: 17535.570 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, residues 142-272 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 属: Ebola-like viruses / 遺伝子: VP30 / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon + / 参照: UniProt: Q05323, UniProt: Q77DJ5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M ammonium acetate, 15mM magnesium acetate tetrahydrate, 0.05M sodium cacodylate, 10%(v/v) isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97630, 0.97950

検出器

タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月9日 / 詳細: toroidal mirror

放射

モノクロメーター: Si Channel cut crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9763	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 2→25 Å / Num. all: 20848 / Num. obs: 20788 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2793 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ProDC		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.898 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: hydrogens have been added in the riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24055	1101	5.3 %	RANDOM
R_work	0.19504	-	-	-
all	0.19736	20788	-	-
obs	0.19736	20788	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2054	0	0	174	2228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.141	1.969	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.216	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.937	23.407	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.302	15	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.447	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.735	1.5	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.263	2	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.113	4.5	762

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.51	5
loose thermal	2.72	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	67	-
R_work	0.238	1451	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0415	-0.5261	0.6424	0.9835	-0.1203	0.3099	0.0106	-0.075	0.0641	0.0017	-0.0334	0.16	0.0137	0.0077	0.0228	-0.0116	-0.0059	0.0339	-0.026	-0.0036	-0.0418	4.27	32.73	4.676
2	0.9733	-0.1571	-0.2425	0.6695	-0.1457	0.1135	0.0071	-0.0785	0.1639	0.0043	0.0031	-0.0488	0.0529	0.0513	-0.0101	0.0153	-0.0052	-0.0348	0.0043	-0.0181	-0.0622	28.319	29.769	5.251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	140 - 266	20 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	135 - 266	15 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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