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万見
- PDB-2i83: hyaluronan-binding domain of CD44 in its ligand-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i83
タイトルhyaluronan-binding domain of CD44 in its ligand-bound form
要素CD44 antigen
キーワードCELL ADHESION / Link module
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of monocyte aggregation / Hyaluronan degradation / monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / regulation of lamellipodium morphogenesis / hyaluronan catabolic process / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of cells / cartilage development ...positive regulation of monocyte aggregation / Hyaluronan degradation / monocyte aggregation / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / regulation of lamellipodium morphogenesis / hyaluronan catabolic process / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of cells / cartilage development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / T cell activation / secretory granule membrane / cell-matrix adhesion / cell projection / Cell surface interactions at the vascular wall / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / Interferon gamma signaling / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / apical plasma membrane / inflammatory response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Takeda, M. / Ogino, S. / Umemoto, R. / Sakakura, M. / Kajiwara, M. / Sugahara, K.N. / Hayasaka, H. / Miyasaka, M. / Terasawa, H. / Shimada, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Ligand-induced Structural Changes of the CD44 Hyaluronan-binding Domain Revealed by NMR
著者: Takeda, M. / Ogino, S. / Umemoto, R. / Sakakura, M. / Kajiwara, M. / Sugahara, K.N. / Hayasaka, H. / Miyasaka, M. / Terasawa, H. / Shimada, I.
履歴
登録2006年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD44 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7331
ポリマ－17,7331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CD44 antigen / Phagocytic glycoprotein I / PGP-1 / HUTCH-I / Extracellular matrix receptor-III / ECMR-III / GP90 ...Phagocytic glycoprotein I / PGP-1 / HUTCH-I / Extracellular matrix receptor-III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / Hermes antigen / Hyaluronate receptor / Heparan sulfate proteoglycan / Epican / CDw44


分子量: 17732.686 Da / 分子数: 1 / 断片: Hyaluronan binding domain residue 21-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P16070
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0mM CD44HABD U-15N,13C; 6.0mM hyaluronan; 50mM phosphate buffer; 150mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22.0mM CD44HABD U-15N,13C; 6.0mM hyaluronan; 50mM phosphate buffer; 150mM NaCl; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 6.7 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1P.GUNTERT ET AL.精密化
CYANA2構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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