PDB-2i7h: Crystal Structure of the Nitroreductase-like Family Protein from ...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 2i7h

タイトル

Crystal Structure of the Nitroreductase-like Family Protein from Bacillus cereus

要素

Nitroreductase-like family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kim, Y. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Nitroreductase-like Family Protein from Bacillus cereus
著者: Kim, Y. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i7h.cif.gz	271.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i7h.ent.gz	231.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i7h_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i7h_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2i7h_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	2i7h_validation.cif.gz	83.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/2i7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/2i7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5byb-d 2zb7-d 2qgm-d 6sau-1 6e43-3 6sdx-d 3sy5-d 4nzm-d 2wt9-d 5dcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC24638

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC24638

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitroreductase-like family protein

B: Nitroreductase-like family protein

C: Nitroreductase-like family protein

D: Nitroreductase-like family protein

E: Nitroreductase-like family protein

F: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

133 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Nitroreductase-like family protein

B: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nitroreductase-like family protein

D: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Nitroreductase-like family protein

F: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Nitroreductase-like family protein

B: Nitroreductase-like family protein

C: Nitroreductase-like family protein

D: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 4 ポリマー
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5

E: Nitroreductase-like family protein

F: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

E: Nitroreductase-like family protein

F: Nitroreductase-like family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	242.719, 87.217, 81.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Nitroreductase-like family protein 分子量: 21796.299 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: DSM 31 / 遺伝子: BC_0786 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81HL8
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2M Ammonium sulfate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40.91 Å / Num. all: 74322 / Num. obs: 74322 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 7348 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHARP		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 10.37 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.207
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21254	7399	10.1 %	RANDOM
R_work	0.17168	-	-	-
all	0.17581	66017	-	-
obs	0.17581	66017	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.81 Å²	0 Å²	0.34 Å²
2-	-	0.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9015	0	159	898	10072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.977	14146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.403	5	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.543	23.936	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.103	15	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.982	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	5289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	7199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.747	1.5	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.219	2	10084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.347	3	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.685	4.5	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	518	-
R_work	0.224	4846	-
obs	-	4846	99.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.811	-0.1745	-0.223	0.7564	0.0638	1.3651	-0.0145	-0.0261	0.004	-0.1093	0.0256	-0.0403	0.0047	0.1474	-0.0111	-0.1877	0.0195	0.0065	-0.2243	-0.0094	-0.2139	66.7852	61.1238	45.5324
2	0.9218	0.217	-0.0589	0.9573	0.2314	1.2157	-0.018	-0.0919	0.0314	0.1016	0.0284	0.0398	0.0537	0.1405	-0.0104	-0.1833	0.0013	0.0021	-0.2116	-0.0109	-0.1905	77.1218	69.8787	1.5231
3	1.2256	-0.3382	-0.2336	1.1596	0.0949	2.3091	-0.0495	-0.2244	-0.0241	0.072	0.0362	0.0416	0.0343	-0.2408	0.0132	-0.2542	0.0367	0.0206	-0.1578	0.016	-0.2644	113.0983	21.7235	16.4707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	0 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1002
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	0 - 186
5	X-RAY DIFFRACTION	2	D	0 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1003 - 1004
7	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	3	F	0 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1005 - 1006

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