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- PDB-2i6r: Crystal structure of E. coli HypE, a hydrogenase maturation protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6r
タイトルCrystal structure of E. coli HypE, a hydrogenase maturation protein
要素HypE protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HypE / Hydrogenase Maturation Protein / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-S-carbamoyl-L-cysteine dehydration / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / protein maturation / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl dehydratase HypE / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Carbamoyl dehydratase HypE / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbamoyl dehydratase HypE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Rangarajan, E.S. / Proteau, A. / Iannuzzi, P. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Structure of [NiFe] hydrogenase maturation protein HypE from Escherichia coli and its interaction with HypF.
著者: Rangarajan, E.S. / Asinas, A. / Proteau, A. / Munger, C. / Baardsnes, J. / Iannuzzi, P. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2006年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HypE protein
B: HypE protein
C: HypE protein
D: HypE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5654
ポリマ－140,5654
非ポリマー00
水7,152397
1
A: HypE protein
B: HypE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2832
ポリマ－70,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA, PQS
2
C: HypE protein
D: HypE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2832
ポリマ－70,2832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)254.757, 71.776, 113.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
HypE protein


分子量: 35141.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: O157:H7, EDL933, Sakai, RIMD 0509952, EHEC / 遺伝子: hypE, ECs3586 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ABB2, UniProt: P24193*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.28 M NaK phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: silicon
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 1.9 % / Av σ(I) over netI: 21.9 / 数: 173055 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 2.32 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 92233 / % possible obs: 92.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815094.610.0262.4141.9
4.625.8196.210.0342.31.9
4.034.6295.810.0362.4731.9
3.664.0390.210.0492.8141.8
3.43.6690.110.0662.7371.8
3.23.494.810.0842.2271.9
3.043.294.110.1282.1971.9
2.913.0493.710.1712.0331.9
2.82.9192.910.2272.0271.9
2.72.880.410.2611.9941.8
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 63144 / Num. obs: 63144 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.354 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.592.90.30360140.462195.5
2.59-2.693.60.28462860.562199.7
2.69-2.823.60.263290.587199.9
2.82-2.963.90.16463270.658199.9
2.96-3.153.80.1262980.869199.9
3.15-3.393.70.0963331.309199.9
3.39-3.733.80.07563431.818199.7
3.73-4.273.80.05963482.25199.8
4.27-5.383.60.04863782.529199.5
5.38-503.60.03664882.207199.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.61 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.83 / 反射: 49576 / Reflection acentric: 47121 / Reflection centric: 2455
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-38.8320.930.940.8821991907292
4.8-7.70.920.871.5767796281498
3.9-4.80.840.850.884488004444
3.4-3.90.720.720.7780807724356
2.9-3.40.460.460.511501914458561
2.7-2.90.240.240.390518747304

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→43.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.644 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3190 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 63142 99.09 %-
all-63142 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.07 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9367 0 0 397 9764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.98212906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84851263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.55524.503362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.274151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3831560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.26562
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.521.56424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.919210024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5233350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5874.52882
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 210 -
Rwork0.25 4071 -
obs-4281 91.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20432.7619-1.591829.52197.67397.63480.24890.17230.5673-0.3803-0.56191.2894-1.3694-0.53750.3130.13350.1738-0.09350.27050.0440.1657106.920410.46221.0656
210.6193-3.41443.426616.4298.022911.1564-0.0114-0.98820.92020.4074-0.0325-1.5679-0.14071.0040.04390.25740.0222-0.00080.33830.13020.2206114.62720.540931.8548
38.58067.1571.933311.441-1.3258.0606-0.14711.0352-0.9088-0.78340.071-0.13111.39-0.33730.07610.2318-0.04040.05190.3971-0.01240.208639.4835-0.232823.1531
44.4459-4.09934.559511.8183-5.609911.6738-0.2776-1.0693-0.01790.98770.3472-0.42330.442-0.2283-0.06960.1752-0.06150.04520.2851-0.12390.146868.41576.303938.9232
52.76780.13190.95330.47720.03491.15560.00330.0769-0.05910.0582-0.0203-0.00140.00260.2150.017-0.04390.0352-0.04060.02150.0396-0.01171282.404616.347
63.2375-0.76071.29840.6197-0.3490.8738-0.0034-0.12940.06230.0644-0.0131-0.1316-0.05030.10370.0165-0.06320.03130.0305-0.13420.0096-0.068593.60165.614815.0761
70.68890.03350.15441.00280.33363.282-0.0054-0.25540.04950.10690.0111-0.05670.0065-0.3328-0.0056-0.12920.00290.05850.0554-0.033-0.099149.82898.576746.8019
80.74110.05910.24981.1160.53721.91070.0244-0.1072-0.00250.0754-0.02110.07110.0376-0.1083-0.0034-0.1705-0.01260.044-0.23160.0089-0.157158.1954-0.305314.4385
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1813 - 30
22BB1 - 1813 - 30
33CC1 - 1813 - 30
44DD1 - 1813 - 30
55AA19 - 32231 - 334
66BB19 - 32231 - 334
77CC19 - 32231 - 334
88DD19 - 32231 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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