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- PDB-2i6d: The structure of a putative RNA methyltransferase of the TrmH fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6d
タイトルThe structure of a putative RNA methyltransferase of the TrmH family from Porphyromonas gingivalis.
要素RNA methyltransferase, TrmH family
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltransferase / TrmH family / stuctural genomics / Porphyromonas gingivalis / knot / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methyltransferase activity / RNA processing / methylation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / MRM3-like substrate binding domain / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...: / MRM3-like substrate binding domain / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / RNA methyltransferase, TrmH family
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Mussar, K.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative RNA methyltransferase of the TrmH family from Porphyromonas gingivalis.
著者: Cuff, M.E. / Mussar, K.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2006年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA methyltransferase, TrmH family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4482
ポリマ－28,3881
非ポリマー601
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA methyltransferase, TrmH family
ヘテロ分子

A: RNA methyltransferase, TrmH family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8954
ポリマ－56,7752
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.921, 107.119, 120.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RNA methyltransferase, TrmH family


分子量: 28387.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: SpoU, PG_0744 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TIGR4
参照: UniProt: Q7MW92, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.8M NaH2PO4, 1.2M K2HPO4, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951, 0.97962
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979511
20.979621
反射解像度: 1.85→37.1 Å / Num. all: 23206 / Num. obs: 23206 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.447 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 1193 5.1 %RANDOM
Rwork0.18892 ---
obs0.19126 22012 98.33 %-
all-23206 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.802 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 4 315 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.9862829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2695271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46322.41487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60115347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0331522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9961.51344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36622124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2943812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3174.5699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 65 -
Rwork0.251 1386 -
obs--85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7396-0.0142-0.03029.0521-0.52821.87030.1795-0.08090.11570.3451-0.1299-0.1034-0.3990.1765-0.04960.04730.0003-0.03-0.06-0.0503-0.0389.923522.979151.2669
24.2184-1.58450.14749.2552-1.48013.98870.1353-0.08630.1842-0.3142-0.03260.46660.0301-0.055-0.10270.02620.0115-0.0351-0.0927-0.06410.04832.162423.90347.4925
32.9642-0.33941.25085.81130.02663.7161-0.1304-0.29290.24430.2335-0.0314-0.0047-0.37560.12810.1618-0.09730.0141-0.0567-0.1091-0.0542-0.124523.40226.14945.0214
48.89394.39348.68342.54533.754716.4446-0.1105-0.13310.07480.0238-0.07210.141-0.0405-0.32170.1826-0.15830.0652-0.0077-0.149-0.0531-0.094916.29611.673842.7268
58.2918-3.83261.05933.0337-2.14573.3686-0.0027-0.10860.2160.030.0083-0.1426-0.56170.0301-0.00560.0250.0057-0.0076-0.072-0.1135-0.042918.931811.641646.3851
64.59630.73180.77642.51531.47894.590.033-0.2081-0.1272-0.06820.0816-0.06860.22640.7988-0.1147-0.12110.064-0.03690.04750.0077-0.141231.5661-2.747644.3431
72.3454-1.5161-0.03884.2406-1.17744.4387-0.02040.1354-0.04-0.35740.0304-0.17450.22280.5335-0.01-0.08210.0291-0.0441-0.0546-0.032-0.125527.4571-3.29933.0952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 443 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2AA45 - 9348 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3AA94 - 11897 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4AA119 - 130122 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5AA131 - 162134 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6AA163 - 216166 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7AA217 - 254220 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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