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- PDB-2i6a: Human Adenosine Kinase in Complex With 5'-Deoxy-5-Iodotubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6a
タイトルHuman Adenosine Kinase in Complex With 5'-Deoxy-5-Iodotubercidin
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE / protein-ligand complex / 5'-deoxy-5-iodotubercidin
機能・相同性
機能・相同性情報


dATP biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / Ribavirin ADME / GMP salvage / Purine salvage / AMP salvage ...dATP biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / Ribavirin ADME / GMP salvage / Purine salvage / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5I5 / Adenosine kinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Muchmore, S.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of human adenosine kinase inhibitor complexes reveal two distinct binding modes.
著者: Muchmore, S.W. / Smith, R.A. / Stewart, A.O. / Cowart, M.D. / Gomtsyan, A. / Matulenko, M.A. / Yu, H. / Severin, J.M. / Bhagwat, S.S. / Lee, C.H. / Kowaluk, E.A. / Jarvis, M.F. / Jakob, C.L.
履歴
登録2006年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
B: Adenosine kinase
C: Adenosine kinase
D: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,5258
ポリマ－155,0214
非ポリマー1,5054
水9,188510
1
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1312
ポリマ－38,7551
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1312
ポリマ－38,7551
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1312
ポリマ－38,7551
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1312
ポリマ－38,7551
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.850, 66.930, 87.140
Angle α, β, γ (deg.)97.76, 103.70, 89.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Adenosine kinase / Adenylate kinase


分子量: 38755.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VXR3, UniProt: P55263*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-5I5 / 7-(5-DEOXY-BETA-D-RIBOFURANOSYL)-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-4-AMINE / 5'-DEOXY-5-IODOTUBERCIDIN / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(METHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-ヨ-ド-5′-デオキシツベルシジン


分子量: 376.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 4000, 0.1 M MgCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 41591 / Num. obs: 35353 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
BUSTER精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3516 -random
Rwork0.181 ---
all-41591 --
obs-35353 85.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10828 0 76 510 11414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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